判例リスト「完全成果報酬|完全成功報酬 営業代行会社」(99)平成28年 2月18日　東京地裁　平２５（行ウ）５５０号　法人税更正処分取消等請求事件

判例リスト「完全成果報酬|完全成功報酬 営業代行会社」(99)平成28年 2月18日　東京地裁　平２５（行ウ）５５０号　法人税更正処分取消等請求事件

裁判年月日 　平成28年 2月18日　 裁判所名 　東京地裁　 裁判区分 　判決
事件番号 　平２５（行ウ）５５０号
事件名 　法人税更正処分取消等請求事件
裁判結果 　請求棄却　 上訴等 　控訴　 文献番号 　2016WLJPCA02188021

要旨
◆原告が、税務署長から、本件事業年度の法人税に係る原告の確定申告は、ビルの売却に関して架空の譲渡原価を計上し、固定資産売却益を過少に申告したものであるとして、更正処分及び重加算税の賦課決定処分（本件更正処分等）を受けたため、異議申立てをしたが３か月を経過しても決定がなく、さらに審査請求をしたが３か月を経過しても裁決がなかったことから、本件更正処分等の取消しを求めたところ、その後の本件裁決により本件更正処分等が一部取り消された事案において、調査手続、本件通知書の送達手続、同通知書の理由付記等、及び原告の実質的経営者の別件刑事事件に係るほ脱税額との齟齬に関する各違法は認められないとし、また、原告による架空の譲渡原価の計上を認めるなどして、本件ビルの譲渡原価に係る申告額の損金算入を否定するとともに、原告主張に係る簿外経費及び貸倒損失の各損金算入も認められないとして、本件裁決により一部取り消された後の本件更正処分等は適法と認定し、請求を棄却した事例

裁判経過
控訴審 平成28年12月14日 東京高裁 判決 事件番号不詳〔１〕

参照条文
国税通則法２４条
国税通則法２６条
国税通則法２８条
国税通則法７４条の２（平２３法１１４改正前）
地方法人税法１３０条
行政手続法１４条
行政事件訴訟法３条２項

裁判年月日 　平成28年 2月18日　 裁判所名 　東京地裁　 裁判区分 　判決
事件番号 　平２５（行ウ）５５０号
事件名 　法人税更正処分取消等請求事件
裁判結果 　請求棄却　 上訴等 　控訴　 文献番号 　2016WLJPCA02188021

東京都港区〈以下省略〉
原告 株式会社湊開発
同代表者代表取締役 Ａ
同訴訟代理人弁護士 加藤豊三
同 佐久間敦子
同 松本大
同 岡本広海
東京都千代田区〈以下省略〉
被告 国
同代表者法務大臣 Ｂ
処分行政庁 麻布税務署長　Ｃ
指定代理人 Ｗ１
同 Ｗ２
同 Ｗ３
同 Ｗ４
同 Ｗ５
同 Ｗ６

主文

１ 　原告の請求をいずれも棄却する。
２ 　訴訟費用は原告の負担とする。

事実及び理由

第１ 　請求
麻布税務署長が平成２２年９月２９日付けでした原告の平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち，所得金額マイナス５４１６万１１２７円，納付すべき税額０円を超える部分及び重加算税の賦課決定処分（ただし，いずれも平成２７年５月７日付け裁決により一部取り消された後のもの）をそれぞれ取り消す。
第２ 　事案の概要
本件は，原告が，平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税について確定申告（以下「本件確定申告」という。）をしたところ，麻布税務署長から，本件確定申告は，ビルの売却に関して架空の譲渡原価を計上し，固定資産売却益を過少に申告したものであるとして，更正処分（以下「本件更正処分」という。）及び重加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい，本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）を受けたことから，本件更正処分等には手続上の瑕疵がある上，計上した譲渡原価は架空のものではなく，他にも損金の額に算入すべき未申告の費用や貸倒損失等が存在しているなどと主張して，本件更正処分等（ただし，いずれも平成２７年５月７日付け裁決により一部取り消された後のもの）の取消しを求める事案である。
１ 　前提事実（争いのない事実，顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
(1) 　原告等について
原告は，昭和６２年３月２３日に，東京都港区〈以下省略〉を本店所在地として設立された，ゴルフ場の経営及びゴルフ会員権の売買等を事業目的とする資本金１０００万円の株式会社であり，設立以降，代表取締役が数回にわたり変更された後，平成１７年１月６日付けでＡ（以下「Ａ」という。）が代表取締役に就任し，現在に至っている。
Ｄ１ことＤ（以下「Ｄ」という。）は，原告の実質的な経営者である。
(2) 　ａビルの売買の経緯等
ア　東京都中央区〈以下省略〉に所在した通称「ａビル」という地下１階，地上６階建ての商業ビル（以下「ａビル」という。）は，昭和３年に地下１階と地上５階までの部分（以下「Ａ部分」という。）が建築され，昭和４０年１０月に５階の一部と６階部分（以下「Ｂ部分」という。）が増築されたものである（乙１７，１８，弁論の全趣旨）。
なお，ａビルの敷地については，昭和５８年１２月以降，有限会社豊藤（以下「豊藤」という。）が所有権を有し，ａビルのために借地権を設定している（乙１９，弁論の全趣旨）。
イ　原告は，平成１０年１１月１３日，東京地方裁判所の競売手続において，Ａ部分の持分４分の３について，保証金６２６５万円を提供して買受けの申出をし，平成１１年７月２２日，残代金２億５０５７万円を納付してその所有権を取得した（買受価額合計３億１３２２万円）（甲４（３頁），乙１７，３６（４頁），弁論の全趣旨）。
ウ　原告は，平成１１年３月４日頃，Ａ部分の残りの持分４分の１について，株式会社日地から，豊藤の借地権譲渡の承諾を停止条件として，代金２億７０００万円で買い受ける旨の売買契約を締結し，その後，２回にわたる代金減額の合意を経て，平成１２年１２月２５日頃までに最終的な売買代金２億２０００万円の支払を終了してその所有権を取得した（甲４（３頁），弁論の全趣旨）。
エ　原告は，平成１６年６月２４日，秀吉商事株式会社（以下「秀吉商事」という。）との間で，秀吉商事が原告に対してＢ部分の所有権を移転し，原告に対する秀吉商事の全株式の譲渡代金と併せて合計４億７０００万円を原告が秀吉商事に支払う旨の契約をし，その代金を支払った（乙２０，弁論の全趣旨）。
オ　原告は，平成１７年７月２７日，株式会社クオンツ（以下「クオンツ」という。）との間で，ａビルにつき，代金４４億円の借地権付建物売買契約を締結し，同月２９日，クオンツから，豊藤への借地権譲渡承諾料等合計４億３０００万円を差し引いた売却代金残額３９億７０００万円を振込送金により受け取った。（甲４（４頁），乙３６（６頁），弁論の全趣旨）
(3) 　原告の確定申告等
ア　原告は，設立以来，法人税の確定申告を行っていなかったが，平成１７年３月８日，青色申告書以外の申告書により，平成１２年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１２年１２月期」という。）ないし平成１６年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の５期分の法人税について，期限後申告をした（乙２～６）。
また，原告は，平成１７年３月８日，麻布税務署長に対し，平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１８年１２月期」という。）から，法人税の申告書を青色申告書によって提出したい旨の青色申告の承認申請をした（乙２８）。麻布税務署長は，平成１８年１２月期終了の日までに上記申請につき承認又は却下の処分を行わなかったことから，法人税法１２５条１項（平成１９年法律第６号による改正前のもの）の規定により，原告は，平成１８年１２月期終了の日において当該申請につき承認を受けたものとみなされた。
イ　原告は，平成１８年２月２８日，本件事業年度の法人税につき，青色申告書以外の申告書により，所得金額をマイナス５４１６万１１２７円，納付すべき税額を０円として，本件確定申告をした。なお，原告は，本件事業年度における所得金額の計算において，ａビルの売却収入４４億円を益金の額とし，その譲渡原価３９億６４３９万６０１６円を損金の額として計上し，その差額４億３５６０万３９８４円を固定資産売却益としていた。（乙７，１２，弁論の全趣旨）
(4) 　本件訴訟に至る経緯等
ア　麻布税務署長は，平成２２年９月２９日付けで，原告の本件事業年度の法人税につき，所得金額を２６億７７３２万３９７７円，納付すべき税額を９億４５７７万４３００円とする本件更正処分及び重加算税の額を３億３１０１万９５００円とする本件賦課決定処分をした。
なお，本件更正処分等に係る通知書（以下「本件通知書」という。）には，本件更正処分について理由の付記はされておらず，本件通知書は，平成２２年９月２９日付けで，麻布税務署長から当時Ｄが勾留されていた東京拘置所に簡易書留郵便によって発送され，同月３０日に東京拘置所に配達された（甲１，乙２７，７０，弁論の全趣旨）。
イ　原告は，平成２２年１１月２４日，麻布税務署長に対し，本件更正処分等を不服として，異議申立てをした。
ウ　原告は，上記イの異議申立てをした日の翌日から起算して３か月を経過しても同異議申立てについての決定がなかったことから，平成２４年９月２４日，国税不服審判所長に対し，本件更正処分等を不服として，審査請求をした。
エ　原告は，上記ウの審査請求をした日の翌日から起算して３か月を経過しても同審査請求についての裁決がなかったことから，平成２５年８月２９日，本件訴えを提起した（顕著な事実）。
オ　国税不服審判所長は，平成２７年５月７日付けで，本件更正処分のうち，所得金額２６億３０９４万４１１３円，納付すべき税額９億２９１９万円を超える部分，及び，本件賦課決定処分のうち，重加算税の額３億２５２１万６５００円を超える部分をいずれも取り消す旨の裁決（以下「本件裁決」という。）をした（乙７０）。
(5) 　別件刑事事件の経緯等
ア　東京国税局査察部（以下「査察部」という。）及び東京地方検察庁特別捜査部（以下「特捜部」という。）は，平成２１年１０月６日，合同で原告に対する国税犯則取締法に基づく調査（以下「本件犯則調査」という。）に着手し，平成２２年１月２０日，合同で原告の関係先の捜索を行い，同日，特捜部は，Ｄ及びＡを法人税法違反の嫌疑で逮捕した。
イ　東京地方検察庁検察官は，平成２２年２月９日，Ｄを法人税法違反の罪で東京地方裁判所に起訴した（以下「別件刑事事件」という。）。
ウ　東京地方裁判所は，平成２４年３月１６日，別件刑事事件について，Ｄに対し，懲役２年６月及び罰金２億円とする旨の判決を宣告し，その後，東京高等裁判所は，同年１０月２４日，Ｄの控訴を棄却し，最高裁判所は，平成２６年１月２８日，Ｄの上告を棄却した（甲４，６，乙７０，弁論の全趣旨）。
２ 　被告の主張する本件更正処分等の根拠及び適法性
本件更正処分等（ただし，本件裁決により一部取り消された後のもの）の根拠及び適法性に関する被告の主張は，別紙のとおりである。なお，別紙に記載した略語は，以下でも用いることとする。
３ 　争点
本件の争点は，本件更正処分等の適法性であり，具体的には，次の点が争われている。
(1) 　調査手続に関する違法の有無
(2) 　本件通知書の送達手続に関する違法の有無
(3) 　本件通知書の理由付記等に関する違法の有無
(4) 　別件刑事事件に係るほ脱税額との齟齬に関する違法の有無
(5) 　ａビルの譲渡原価に係る申告額の損金算入の可否
(6) 　簿外経費の損金算入の可否
(7) 　貸倒損失の損金算入の可否
４ 　争点に対する当事者の主張の要旨
(1) 　争点(1)（調査手続に関する違法の有無）について
（原告の主張の要旨）
麻布税務署長は，特捜部及び査察部の指示に基づき，特捜部の起訴に都合を合わせて本件更正処分等をしたのであり，原告に関する税務調査を行っておらず，原告が本件更正処分等に対する異議申立てをした際も，税務調査資料がないので答弁ができない旨回答している。
したがって，本件更正処分は，適法な税務調査に基づいてされたものでないから，違法というべきである。
（被告の主張の要旨）
麻布税務署長は，査察部から，本件確定申告について過少申告の事実がある旨の連絡を受けたため，国税通則法２４条に規定する調査を行うこととし，平成２２年６月７日，麻布税務署の統括国税調査官２名が，東京拘置所に勾留中のＤと接見し，原告に対する税務調査を行う旨を伝えた。そして，麻布税務署長は，査察部から送付された資料及び麻布税務署において保管する資料に基づいて検討した結果，査察部から連絡を受けた本件事業年度の所得金額及び税額等が適正なものと認められたことから，本件更正処分を行ったのであり，同処分に至るまでの麻布税務署長の一連の行為は，調査方法，時期など，その具体的手続について，税務署長に認められた広範な裁量権の範囲で行われたものであって，国税通則法２４条に規定する調査に該当するというべきである。
したがって，本件更正処分は，麻布税務署長の調査に基づいて行われたものであり，適法である。
(2) 　争点(2)（本件通知書の送達手続に関する違法の有無）について
（原告の主張の要旨）
更正処分は更正通知書を送達して行う必要があるところ（国税通則法２８条１項），本件更正処分は原告の本件確定申告を対象とするものであるから，本件通知書について「その送達を受けるべき者」（同法１２条１項）は原告である。そして，原告の代表者であるＡは，平成２２年１月２６日，検察官の取調べにおいて，原告の事務所が本店所在地に存在している旨供述していたのであるから，麻布税務署長は，原告の事務所が本店所在地に存在していることを認識できた。また，Ａに対する供述の録取が行われていること，Ａが保釈決定において住所を制限されていたこと，麻布税務署の担当者がＡと電話で会話していることからすれば，麻布税務署長は，Ａの所在を容易に知り得た上，平成２３年３月１５日に国税不服審判所に対する審査請求ができる旨の教示書を郵便送達していることからすれば，Ａの所在を確実に認識していたといえる。しかるに，本件通知書は，原告の本店所在地やＡの所在地に対して送達されず，当時，東京拘置所に収容されていたＤに送達された。
したがって，本件更正処分は，本件通知書の送達手続に瑕疵があるから，違法というべきである。
（被告の主張の要旨）
ア　本件通知書を送達した平成２２年９月２９日当時，原告については，本店所在地に事務所が存在せず，本店所在地以外に事務所を有していた事実も認められなかったところ，原告の登記簿上の代表取締役とされていたＡも，その所在を把握できていない状態であった（なお，Ａは，供述録取が行われた同年１月２８日当時，東京拘置所に勾留されていたが，同年２月９日に釈放された後は所在不明であった。）。他方，原告の実質的経営者であるＤは，平成２２年１月２０日に法人税法違反の嫌疑により逮捕され，その後も引き続き東京拘置所に勾留されていて，その所在する場所も明らかであった。かかる特段の事情が認められる本件においては，麻布税務署長が，原告の実質的経営者で東京拘置所に収容中のＤに対し，簡易書留郵便により本件通知書を郵送したことは，原告に対する本件通知書の送達として適法というべきである。
イ　仮に，本件通知書の送達に瑕疵があったとしても，本件通知書は原告の下に到達し，その後，原告において法定の異議申立て及び審査請求を行っているのであるから，原告が不利益を被った事実はない。したがって，本件通知書の送達の効力に影響を及ぼすものではなく，本件更正処分の取消事由とはならないというべきである（最高裁昭和２９年（オ）第２２２号同３０年６月２１日第三小法廷判決・裁判集民事１８号８３５頁参照）。
(3) 　争点(3)（本件通知書の理由付記等に関する違法の有無）について
（原告の主張の要旨）
ア　法人税法が白色申告書に係る更正処分について理由付記を不要とした趣旨は，青色申告の承認を受けていない自営業者は，通常，総勘定元帳等を整備しておらず，税務署長は白色申告書に係る更正処分において推計課税を行うしか合理的な課税方法がないため，このような場合にまで更正処分に理由付記を求める必要はないということにある。そうすると，麻布税務署長は，総勘定元帳に基づいて本件確定申告をしている原告については，たとえ青色申告の承認を受けていなかったとしても，青色申告の場合と同様，総勘定元帳に基づく税務調査が可能であり，推計課税をする必要がなかったのであるから，本件更正処分については，行政手続法１４条が適用され，理由付記が必要というべきである。
イ　原告は平成１８年１２月期以降の事業年度について既に青色申告の承認を受けていたのであるから，行政手続法１４条の立法趣旨を踏襲した法人税法１３０条２項の趣旨に照らすと，平成２２年９月２９日にした本件更正処分については，理由付記が必要というべきである。
ウ　更正処分は，青色申告書，白色申告書の区別なく，納税者に対する不利益処分であるから，憲法３１条の要請として，その処分理由と適用法条を必ず付記するべきであり，理由付記を青色申告書に係る更正処分に限定する法人税法１３０条２項の規定は，行政手続法１４条及び憲法３１条に違反しているというべきである。なお，平成２３年法律第１１４号によって国税通則法７４条の２が改正され，白色申告書に係る更正処分についても行政手続法１４条が適用されることとなったのは，法人税法１３０条２項の規定が，行政手続法１４条及び憲法３１条に違反していたからである。
エ　麻布税務署長は，査察部の査察結果に基づき，国税通則法２７条によって本件更正処分をしたのであるから，本件通知書には，同法２８条２項各号に掲げる事項の記載に加え，本件更正処分が同法２７条の調査に基づくものである旨を付記する必要があった。しかるに，本件通知書には，更正前と更正後の課税標準等及び税額等の記載が欠如しているだけでなく，国税通則法２７条の調査に基づくものである旨の付記も欠如していた。
オ　以上のとおり，本件通知書には，理由の付記など必要な記載が欠如していたのであるから，本件更正処分は違法というべきである。
（被告の主張の要旨）
ア　平成２３年法律第１１４号による改正前の国税通則法７４条の２（以下「旧国税通則法７４条の２」という。）は，申告書が総勘定元帳等に基づいて作成されたか否か，あるいは，更正処分が推計課税によってなされたか否かを問わずに，一律に，明文で，国税に関する法律に基づき行われる処分等に行政手続法１４条の適用がない旨を規定し，また，法人税法１３０条２項も白色申告書に係る更正処分について更正の理由の付記を要求していない。そして，更正処分の理由付記は，青色申告制度によって創設された特典のうちの一つであって，更正処分の不利益処分としての性質上当然に納税申告者に認められるものではない。したがって，総勘定元帳等に基づく申告をしている場合であっても，白色申告書に係る更正処分について，理由付記は不要である。
イ　原告は，麻布税務署長に平成１８年１２月期から法人税の申告書を青色申告書によって提出したい旨を記載した青色申告の承認申請書を提出したことによって，平成１８年１２月期以後の事業年度について青色申告の承認がされたのであるから，青色申告の承認がされる前の本件事業年度にその効果が及ぶものではない。したがって，本件更正処分は，原告が青色申告の承認を受けた後にされたものであるとしても，理由付記は不要である。
ウ　法律の優先関係は，制定の先後関係や一般法特別法の関係によって決定されるものであるから，法人税法１３０条２項が行政手続法１４条に違反するということはあり得ない。また，憲法３１条に規定する法定の手続の保障とは，刑事手続に関する法定の手続の保障であり，同条が直接に行政上の不利益処分である更正処分に理由が付記されるべきことを保障していると解することはできず，理由の記載を更正処分の手続上の要件とするかどうかは立法府の決定に委ねられているものと解すべきであるから，憲法違反の問題は生じない。したがって，法人税法１３０条２項は，憲法３１条に違反するものでない。
エ　本件更正処分は，査察部の調査結果に基づいて行われたものではなく，本件犯則調査において把握された原告に関する資料等の送付を受けて，麻布税務署長が原告に対する税務調査を実施し，その調査結果に基づいて行われたものであるから，国税通則法２７条ではなく，同法２４条に規定する「調査」に基づく更正処分に該当する。したがって，本件通知書に，本件更正処分が国税通則法２７条の調査に基づくものである旨を付記する必要はない。また，国税通則法２８条２項所定の記載事項は，全て本件通知書に記載されている。
オ　以上より，本件通知書は，必要な記載を欠くものではないから，本件更正処分は適法である。
(4) 　争点(4)（別件刑事事件に係るほ脱税額との齟齬に関する違法の有無）について
（原告の主張の要旨）
ア　本件更正処分における納付すべき法人税額９億４５７７万４３００円は，査察部が認定した原告の本件事業年度の納付すべき法人税額及び東京地方検察庁検察官の起訴状に記載されたほ脱税額８億０２４５万２０００円との間で１億４３３２万２３００円の齟齬があり，ほ脱税額と本件更正処分の納付すべき法人税額が一致していないから，本件更正処分は違法である。
イ　また，東京地方裁判所が，別件刑事事件において，原告の本件事業年度における法人税額を７億８７６３万６４００円と認定したことにより，麻布税務署長は，本件更正処分において法人税額を１億５８１３万７９００円過大に更正していたことを知ったのであるから，国税通則法２６条に基づき，本件更正処分に係る再更正を行う義務があった。しかるに，麻布税務署長は，再更正処分を怠っているのであるから，本件更正処分は，国税通則法２６条に違反し，違法というべきである。
（被告の主張の要旨）
ア　法人税の更正処分における納付すべき税額とほ脱事件において検察官が訴因として設定した税額は，その性質が異なるものであるから，本件更正処分における納付すべき法人税額がほ脱事件において検察官が訴因として設定した税額と一致していないとしても本件更正処分が違法になることはない。
イ　麻布税務署長は，本件更正処分における納付すべき税額と別件刑事事件におけるほ脱税額が一致していないことを理由として，本件更正処分に係る再更正をする必要はないから，本件更正処分が国税通則法２６条に違反するものではない。
(5) 　争点(5)（ａビルの譲渡原価に係る申告額の損金算入の可否）について
（原告の主張の要旨）
原告が，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入したａビルの譲渡原価のうち，Ｂ部分の取得費用，Ｅ及びＦに対する支払手数料については，以下に述べるとおり，架空の譲渡原価を計上したものではないから，これらの譲渡原価は，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入されるべきである。
ア　Ｂ部分の取得費用　２４億９０００万円
（ア）　原告は，平成１６年６月２４日，秀吉商事との間で，原告が秀吉商事からＢ部分及び秀吉商事の株式を４億７０００万円で買い受ける旨の合意をし，同日，東京工営に対し，秀吉商事の株式を４億９０００万円で売却した。その後，原告は，平成１７年７月２７日，東京工営から，秀吉商事の株式を２５億円で買い受け，同月２９日，東京工営に対し，東京工営への貸金４億９０００万円を控除した２０億１０００万円を支払った。かかる原告と東京工営との間の売買は，Ｂ部分の所有者である秀吉商事の株式を売買することにより，Ｂ部分の所有権を原告から東京工営へ，東京工営から原告へと順に移転させることを企図してしたものである。
このように，原告は，Ｂ部分を所有する秀吉商事の株式を２５億円で東京工営から取得したことから，本件確定申告において，Ｂ部分の取得費用を上記東京工営からの買受代金２５億円の範囲内である２４億９０００万円とした。
したがって，Ｂ部分の上記取得費用２４億９０００万円は，ａビルの譲渡原価として損金算入されるべきである。
（イ）　なお，原告と東京工営は，平成１０年，ａビルの地上げを共同して行い，東京工営がテナントに対する立退交渉などを行い，地上げが成功した場合には，原告が東京工営に対して成功報酬を支払う旨の合意をし，平成１６年６月，上記成功報酬の金額を２０億１０００万円とする旨の合意をした。そのため，原告が平成１７年７月２９日に東京工営に対して支払った２０億１０００万円は，上記成功報酬としての意味をも有するものであった。
したがって，仮にＢ部分の取得費用として２４億９０００万円を損金算入することができないとしても，少なくとも上記２０億１０００万円は，地上げ報酬そのものと評価し，ａビルの譲渡原価として損金算入されるべきである。
イ　Ｅに対する支払手数料　５億円
原告は，Ａ部分のテナントの立退交渉を東京工営に任せていたが，思うように進展しなかったことから，平成１１年秋頃，Ｅに対してもその立退交渉を依頼した。そして，原告は，Ｅから，Ａ部分の賃借人が秀吉商事，転借人が各テナントとなっているため，原告が各テナントに対して賃料の支払を直接請求すれば，各テナントが秀吉商事に対する賃料の支払を躊躇するようになり，秀吉商事も原告に賃料を支払うことができなくなること，賃料不払いを理由に秀吉商事との賃貸借契約を解除すれば，転借人である各テナントも建物利用権を失い，原告に建物の明渡しをせざるを得なくなることなどの説明を受けたことから，これを実行し，秀吉商事との賃貸借契約を解除することができた。
そして，原告は，平成１２年９月４日，Ｅに対し，額面５億円の手形を交付するとともに，同年１２月末日までに，現金５億円を同手形と引換えに支払う旨約束し，同月２６日，手数料５億円を現金で渡し，これと引換えに同手形を回収した。
このように，原告は，Ｅに対し，Ａ部分のテナントの立退交渉の手数料として，５億円を支払ったのであるから，同金員はａビルの譲渡原価として損金算入されるべきである。
ウ　Ｆに対する支払手数料　２億８０００万円
原告は，暴力団関係者がＢ部分の一室（５３号室）を占拠していることが判明したことから，Ｂ部分の他の立退交渉とは切り離して，５３号室の立退交渉をＦに依頼し，立退料及び手数料として，Ｆに対し，平成１６年７月１５日に１億８０００万円，平成１７年１月７日に１億円の合計２億８０００万円を支払った。
このように，原告は，Ｆに対し，Ｂ部分の５３号室の立退交渉の手数料等として，２億８０００万円を支払ったのであるから，同金員はａビルの譲渡原価として損金算入されるべきである。
（被告の主張の要旨）
原告が，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入したａビルの譲渡原価のうち，Ｂ部分の取得費用，Ｅ及びＦに対する支払手数料については，以下に述べるとおり，所得金額を過少に申告するため，架空の譲渡原価を計上したものであるから，これらを譲渡原価として損金の額に算入することはできない。
ア　Ｂ部分の取得費用について
（ア）　原告は，ａビルの譲渡に関して架空の譲渡原価を計上して課税負担を免れるため，Ｂ部分について，秀吉商事から東京工営に４億９０００万円で譲渡されたとする虚偽の不動産売買契約書及び領収書等を作成し，東京工営から原告に２４億９０００万円で譲渡されたとする虚偽の不動産売買契約書及び領収書等を作成するとともに，その不動産売買契約どおりに資金が移動したような形跡をつけるために，形式的に東京工営名義の預金口座を開設して入金し，その後すぐに入金額と同額を引き出した。そして，原告は，平成１７年７月２７日，Ｂ部分を東京工営から２４億９０００万円で取得したとして，これを借地権勘定に計上し，ａビルの譲渡原価に振り替えた。したがって，かかる架空の譲渡原価を損金の額に算入することはできない。
なお，原告は，本訴訟において，Ｂ部分の所有者である秀吉商事の株式を売買することにより，Ｂ部分の所有権を原告から東京工営へ，東京工営から原告へと順に移転させた旨主張するが，不動産を所有する法人の発行済株式を全部取得した者が，当該法人が所有する不動産の所有権を法的に取得するものでなく，仮に原告が主張する経緯を前提にしたとしても，Ｂ部分の所有権は，そもそも原告から東京工営に移転しておらず，当然に，東京工営から原告に移転することもないから，原告が東京工営から秀吉商事の株式を取得する際の取得費用がＢ部分の取得原価となるものではない。
（イ）　東京工営のＧが原告から受領したａビルの取引に関する報酬は，１５００万円である。原告が平成１７年７月２９日に東京工営名義の預金口座に入金した２０億１０００万円は，原告がＢ部分の所有権をあたかも東京工営から取得したかのように仮装するためのものにすぎず，同日，東京工営の預金口座から同額の現金出金をし，Ｄが持ち帰っている。したがって，原告は，東京工営に対し，地上げ報酬として２０億１０００万円を支払っておらず，同金額を譲渡原価として損金の額に算入することはできない。
イ　Ｅに対する支払手数料について
原告は，ａビルのテナントの立ち退きに関する手数料５億円をＥに支払ったとして，これを平成１２年１２月２８日付けで借地権勘定に計上し，ａビルの譲渡原価として本件事業年度の損金の額に算入した。
しかしながら，本件犯則調査における関係者の供述等によれば，Ｅがａビルのテナントの立退業務に関与した事実はなく，また，原告がＥに５億円の手数料を支払った事実も認められないから，Ｅへの支払手数料として計上した５億円は架空のものである。
ウ　Ｆに対する支払手数料について
原告は，ａビルの立ち退きに関する支払手数料２億８０００万円をＦに支払ったとして，これを平成１７年１月７日付けで借地権に計上し，ａビルの譲渡原価として本件事業年度の損金の額に算入した。
しかしながら，本件犯則調査における関係者の供述等によれば，Ｆがａビルの立退業務に関与した事実はなく，また，原告がＦに２億８０００万円の手数料を支払った事実も認められないから，Ｆへの支払手数料として計上した２億８０００万円は架空のものである。
なお，原告は，Ｂ部分の５３号室を賃借していた株式会社東亜企画（以下「東亜企画」という。）に対する建物明渡等請求訴訟をしていたが，平成１６年７月５日付けで和解が成立し，東亜企画は同年９月１日付けで５３号室を明け渡しており，立退料の支払はされていない。
(6) 　争点(6)（簿外経費の損金算入の可否）について
（原告の主張の要旨）
原告は，本件事業年度において，以下に述べるとおり，未申告の経費を支出しているから，当該経費は，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入されるべきである。
ア　Ｇに対する支払手数料　５０００万円
原告は，平成１７年７月２９日，ＤとＧらが共に北部信用組合本店を訪れた際，Ｇに対し，ａビルの地上げに関する手数料として，５０００万円を支払った。東京工営の平成１７年２月１日から平成１８年１月３１日までの事業年度（以下「平成１８年１月期」という。）の決算報告書に計上されているコンサルタント収入４３２０万５９５６円は，上記５０００万円の一部を計上したものである。
したがって，上記５０００万円は，ａビルの譲渡原価として，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入されるべきである。
イ　支払利息　合計１５億００２２万９７４０円
原告は，本件事業年度において，以下に述べる利息の支払をしているから，その支払利息は，法人税法２２条３項２号の「その他の費用」として，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入されるべきである。
（ア）　株式会社十王開発に対する支払利息　２億６４００万円
原告は，平成元年から平成３年にかけて，東京工営や株式会社日英興産（以下「日英興産」という。）に対する貸付けの資金とするため，株式会社十王開発（以下「十王開発」という。）から合計２４億１９６８万円を借り入れた。その後，原告は，ａビルの地上げが完成し，平成１７年７月２９日，クオンツから売買代金の入金を受けたことから，十王開発に対し，同日に５億円（利息７７６４万７０５９円を含む。），同年１１月２５日に１２億円（利息１億８６３５万２９４１円を含む。）を支払った（支払利息合計２億６４００万円）。
（イ）　株式会社大都商会に対する支払利息　９億３６２２万９７４０円
原告は，平成２年から平成９年にかけて，株式会社ケイ・ピー・ハーベスト（以下「ケイ・ピー・ハーベスト」という。），株式会社鳳物産（以下「鳳物産」という。），Ｈ（以下「Ｈ」という。），株式会社ヤマハ企画（以下「ヤマハ企画」という。）及びＩ（以下「Ｉ」という。）に対する貸付けの資金とするため，株式会社大都商会（以下「大都商会」という。）から合計２１億７３００万円を借り入れ，平成１０年以降，ａビルの地上げに必要な資金とするため，大都商会から合計６億６１３７万１４６９円を借り入れるなど，多数の借入れをしていた。そして，原告は，大都商会との間で，①平成１４年１月２８日，同日までの借入金残高が３０億円であることを確認するとともに，利益が入った場合には年利６％の利息を支払う旨の合意をし，②平成１６年８月２５日，ａビルが売却できた場合には，利息の一部として１０億円を支払う旨の合意をした。
その後，原告は，ａビルの地上げが完成し，平成１７年７月２９日，クオンツから売買代金の入金を受けたことから，大都商会に対し，利息の一部として，同日に８３０８万７５７６円，同年８月９日に１億１００１万５１３６円，同月１９日に５億２３１０万７０２８円の合計７億１６２０万９７４０円を支払ったほか，同年８月９日に別途２億２００２万円を支払った（支払利息合計９億３６２２万９７４０円）。
（ウ）　あじさい観光株式会社に対する支払利息　２億５０００万円
原告は，平成１２年１２月２５日，Ｅに対する手数料５億円の支払等の資金とするため，あじさい観光株式会社（以下「あじさい観光」という。）から６億円を借り入れた。その後，原告は，ａビルの地上げが完成し，平成１７年７月２９日，クオンツから売買代金の入金を受けたことから，同日，あじさい観光に対し，８億５０００万円（利息２億５０００万円を含む。）を支払った。
（エ）　Ｊに対する支払利息　５０００万円
原告は，Ｊ（以下「Ｊ」という。）から，原告が利益を上げた場合に年利３％程度とする旨の合意により，平成１１年７月１６日頃に２億５０００万円，同年１０月頃に１億円，平成１６年１２月１４日に３０００万円，同月２７日に１０００万円を借り入れた。原告は，上記２億５０００万円はＡ部分の持分４分の３の競売代金の支払に充て，上記１億円はＡ部分の残り４分の１の持分を取得するための代金の支払に充てた。その後，原告は，平成１７年７月２９日，Ｊに対し，上記合計３億５０００万円の借入金の利息として，５０００万円を支払った。
ウ　強制執行費用　５２万３１００円
原告は，ａビルに入居していたｂレストランを立ち退かせるため，強制執行の申立てを行い，これに関連して，平成１６年８月１９日，Ｋ弁護士に対し，強制執行補助者の手数料及び鍵交換費用として５万円，遺留品の保管代として４７万３１００円の合計５２万３１００円を支払った。
したがって，上記合計５２万３１００円も，本件事業年度の強制執行費用として，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入されるべきである。
（被告の主張の要旨）
原告が簿外で支払ったとする費用は，以下に述べるとおり，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入することはできないというべきである。
ア　Ｇに対する支払手数料について
仮に原告が，平成１７年７月２９日，Ｇに対し，ａビルの地上げに関する手数料として５０００万円を支払い，同日，Ｇから領収証を徴していたのであれば，同金額を本件事業年度の費用として計上することに何ら支障はないはずであるにもかかわらず，原告はこれを費用として計上していないのであり，そのことについて合理的な説明はない。なお，東京工営の平成１８年１月期の決算報告書に計上されているコンサルタント収入４３２０万５９５６円は，株式会社東営エンジニアリング及びユウ・アイ・リアルエステート株式会社からの収入である。
したがって，原告が，Ｇに対し，ａビルの地上げに関する手数料として５０００万円を支払ったとは認められない。
イ　支払利息について
（ア）　十王開発に対する支払利息について
十王開発の平成１８年度総勘定元帳及び第１４期確定決算書に記載されている貸付金の相手先は，原告ではなく日英興産であるとされている。
また，原告が，東京工営に対して２１億１０００万円，日英興産に対して５億５０００万円をそれぞれ貸し付けたとは認められず，その貸付けの原資とするために十王開発から借入れをしたとも認められない。
したがって，原告が主張する十王開発からの借入金は存在せず，利息の支払も認められない。
（イ）　大都商会に対する支払利息について
大都商会の平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度の決算書には，貸付金自体の計上がない。
また，原告が，ケイ・ピー・ハーベスト，鳳物産，Ｈ，ヤマハ企画及びＩに対して金員を貸し付けたとは認められず，その貸付けの原資とするために大都商会から借入れをしたとも認められない。
したがって，原告が主張する大都商会からの借入金は存在せず，利息の支払も認められない。
（ウ）　あじさい観光に対する支払利息について
あじさい観光の平成１６年６月１日から平成１７年５月３１日までの事業年度の決算書及び同年６月１日から平成１８年５月３１日までの事業年度の決算報告書には，貸付金自体の計上がない。
また，原告が，Ｅに対し，ａビルのテナントの立退業務の手数料として５億円の手数料を支払ったとは認められないのであるから，その支払の原資とするためにあじさい観光から借入れをしたとも認められない。
したがって，原告が主張するあじさい観光からの借入金は存在せず，利息の支払も認められない。
（エ）　Ｊに対する支払利息について
平成１２年１２月期から本件事業年度までの原告の決算書には，Ｊからの借入れは一切記載されていない。また，Ｊは，Ｄの配偶者であるから，Ｊ１（Ｊ）名義の領収書（甲３４）があるからといって，直ちに原告がＪに対し，上記金額を簿外の支払利息として支払ったものと認められない。さらに，原告は，ＤがＪから平成１６年に４０００万円を借り入れたとしているが，Ｊは，Ｄの平成１６年分の所得税の確定申告書において，控除対象配偶者（所得税法２条１項３３号。生計を一にする配偶者のうち合計所得金額が３８万円以下である者）として氏名が記載されており，少なくとも平成１６年において，Ｊが原告に対して４０００万円を貸し付けるだけの原資があったとは考え難い。
したがって，原告が主張するＪからの借入金は存在せず，利息の支払も認められない。
ウ　強制執行費用について
強制執行費用５２万２５００円については，平成１６年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の総勘定元帳の借地権勘定に計上された上，最終的には，ａビルの譲渡原価として，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入されている。
(7) 　争点(7)（貸倒損失の損金算入の可否）について
（原告の主張の要旨）
原告は，本件事業年度において，以下に述べる貸金債権が貸倒れになったのであるから，その貸倒損失は，法人税法２２条３項３号の「当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの」として，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入されるべきである。
ア　ケイ・ピー・ハーベストに対する貸金債権　１２億円
原告は，ケイ・ピー・ハーベストに対し，平成２年８月３１日に２億円，同年１０月２６日に１０億円の合計１２億円を貸し付けた。しかし，ケイ・ピー・ハーベストは，上記貸金の元金を全く返済しないまま，平成４年３月１３日に破産宣告を受け，平成６年６月１４日に費用不足による破産廃止決定が確定した。また，ケイ・ピー・ハーベストの連帯保証人である会社はいずれも倒産しており，個人で連帯保証人になっていた者も行方不明であるなど，貸金を回収することはできなかった。なお，原告は，上記貸金について，Ｌが所有する不動産に株式会社丸惣建設（以下「丸惣建設」という。）名義で抵当権の設定を受けていたところ，平成１７年１月７日に担保不動産競売による売却がされ，７１０万円を回収し，これをケイ・ピー・ハーベストの未払利息に充当した。このように，ケイ・ピー・ハーベストに対する貸金債権は，本件事業年度において全額が貸倒れになった。
イ　Ｈに対する貸金債権　２億３０００万円
原告は，平成５年２月２５日，Ｈに対し，３億５０００万円を貸し付け，同月２６日，Ｈが所有する土地及び建物に，上記貸金債権を被担保債権とする抵当権設定仮登記を受け，平成７年１２月１８日，Ｈが所有する別の建物にも同様に抵当権設定仮登記を受けた。原告は，平成７年にはＨ及びその連帯保証人が返済不能の状態になったことから，上記Ｈ所有の土地及び建物について，同年１２月１１日，同月８日代物弁済を原因とする所有権移転登記を受け，原告が同土地及び建物を売却して，上記貸金債権と精算することにした。一方，上記土地及び建物の先順位の抵当権者が，平成８年に不動産競売の申立てをしたことから，原告は当該抵当権者に８０００万円を支払い，同申立ての取下げと抵当権設定登記の抹消をしてもらった。その後，原告は，平成１７年３月３０日，あじさい観光に対し，上記土地及び建物を２億円で売却し，これを上記８０００万円と貸金債権の元金の一部１億２０００万円に充てた。このように，原告のＨに対する貸金債権は，本件事業年度において，残高が２億３０００万円となったが，Ｈ及び連帯保証人の資力からみて，これ以上の回収の見込みはなく，貸倒れとなった。
ウ　ヤマハ企画に対する貸金債権　４億６５００万円
原告は，平成７年９月１８日，ヤマハ企画に対し，Ｍ（以下「Ｍ」という。）を連帯保証人として，４億６５００万円を貸し付け，Ｍの親族が持分を有する不動産に，丸惣建設名義で抵当権設定仮登記を受けた。しかし，ヤマハ企画は，上記貸金の元金を全く返済しないまま，事実上倒産し，Ｍも平成１７年以前に死亡した。また，原告は，上記不動産に先順位の抵当権者がおり，Ｍの相続人にもめぼしい資産がなく，貸金回収の見込みはなかったことから，平成１７年９月９日，Ｍの相続人からの申し出により，同相続人から３００万円を受領して未払利息に充当し，上記抵当権設定仮登記を抹消した。このように，ヤマハ企画に対する貸金債権は，本件事業年度において全額が貸倒れになった。
エ　日英興産に対する貸金債権及び手形債権　１５億５０００万円
原告は，平成元年から平成２年にかけて，日英興産に対し，合計５億５０００万円を貸し付けた。しかし，日英興産に対する貸金債権は，日英興産の倒産によって貸倒れとなった。
また，日英興産は，平成元年９月２７日，原告に対し，東京工営の原告に対する借入債務１０億円を担保するため，額面１０億円の約束手形を差し入れたが，結局，日英興産の倒産によって同手形は不渡りとなった。そのため，日英興産に対する手形債権は，全額が原告の損金となった。
（被告の主張の要旨）
そもそも，原告は，ケイ・ピー・ハーベスト，Ｈ，ヤマハ企画及び日英興産に対する貸金債権を，平成１２年１２月期ないし本件事業年度のいずれの決算書にも計上しておらず，しかも，原告がこれらの貸金債権を簿外で処理していたことについて，合理的な説明はない。また，以下に述べるとおり，原告が提出する証拠等によっても，原告が上記の者らに対して貸金債権を有していたと認めることはできない。したがって，上記貸金債権に係る貸倒損失を，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入することはできない。
ア　ケイ・ピー・ハーベストに対する貸金債権について
ケイ・ピー・ハーベストを借主とする平成２年８月３１日付けの２億円の借用証書（甲３６の１）及び同年１０月２６日付けの１０億円の借用証書（甲３７の１）は，いずれも，貸主欄が空欄であるから，原告が貸付けを行ったことを証するものとはいえない。また，ケイ・ピー・ハーベスト名義の平成２年１０月２６日付け領収証（甲３７の２）は，宛名として記入された原告の名称が後日書き加えられた可能性がある。さらに，Ｌ所有の北佐久郡軽井沢町内の土地に対して平成２年１０月２９日受付で設定された抵当権は，抵当権者が，原告ではなく，丸惣建設とされている。
したがって，原告がケイ・ピー・ハーベストに対して貸付債権を有していたと認めることはできない。
イ　Ｈに対する貸金債権について
Ｈを借主とする平成５年２月２５日付けの３億５０００万円の借用証書（甲４６の１）は，貸主欄が空欄であるから，原告が貸付けを行ったことを証するものとはいえない。
また，原告がＨから代物弁済を原因とする所有権移転登記を受けた土地及び建物については，平成１７年３月３０日受付でその所有権が原告からあじさい観光に移転しているところ，その登記原因は，「売買」ではなく，「真正な登記名義の回復」となっており，登記申請書に添付された登記原因証明情報には，「２．登記の原因となる事実または法律行為」として，「本不動産の所有者であったＨ氏と株式会社湊開発は平成７年１２月２０日に代物弁済契約を締結しその登記を平成７年１２月２５日受付第３２０７７号で済ませたが，本来の債権者はあじさい観光株式会社である。契約上便宜にあじさい観光株式会社が株式会社湊開発の名義を借り，権利者として株式会社湊開発としていた。」と記載されている。このように，原告自らが，Ｈに対する貸付金の真実の債権者は，原告ではなくあじさい観光であったとしているのであるから，そもそも，原告がＨに対して３億５０００万円の貸付金を有していたと認めることはできない。
ウ　ヤマハ企画に対する貸金債権について
ヤマハ企画を借主とする平成７年９月１８日付けの４億６５００万円の借用証書（甲５１の１）は，貸主欄が空欄であり，原告が貸付けを行ったことを証するものとはいえない。また，Ｎが持分３分の１を所有する松戸市松戸字柿ノ木台の土地に対して平成７年９月２２日受付でされた債務者をヤマハ企画とする抵当権設定仮登記は，抵当権者が，原告ではなく，丸惣建設とされている。そのため，原告がヤマハ企画に対して貸金債権を有していたと認めることはできない。
エ　日英興産に対する貸金債権について
日英興産を借主とする借用証書（甲２１の１，２３，２４の１，２５）は，いずれも貸主欄が空欄であり，原告が貸付けを行ったことを証するものとはいえない。そして，借入金の返済に関する確約書（甲５５の１）についても，作成日が平成４年４月９日であるとされているにもかかわらず，確約書に押印されている確定日付印は，上記作成日から１９年６月も経過した平成２３年１０月１９日とされていることからすれば，確約書の作成日が平成４年４月９日であるかは極めて疑わしい。そのため，原告が日英興産に対して貸金債権を有していたと認めることはできない。
また，原告の東京工営に対する１０億円の貸金債権は存在しなかったというべきであるから，日英興産が東京工営の債務を担保するために約束手形を原告に差し入れる必要はなく，原告が日英興産に対して１０億円の手形債権を有していたと認めることはできない。仮に原告が日英興産に対する手形債権を有していたとしても，それが本件事業年度において回収不能であることが客観的に明らかになったということはできない。
第３ 　当裁判所の判断
１ 　争点(1)（調査手続に関する違法の有無）について
(1) 　原告は，麻布税務署長は，特捜部及び査察部の指示に基づき，特捜部の起訴に都合を合わせて本件更正処分等をしたのであり，原告に関する税務調査を行っておらず，原告が本件更正処分等に対する異議申立てをした際も，税務調査資料がないので答弁ができない旨回答しているのであって，本件更正処分は，適法な税務調査に基づいてされたものでないから，違法というべきである旨主張する。
そこで，以下，本件更正処分の取消原因となるべき調査手続に関する違法の有無について検討することとする。
(2) 　国税通則法２４条は，税務署長は，納税申告書の提出があった場合において，その納税申告書に記載された課税標準等又は税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったとき，その他当該課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるときは，その調査により，当該申告書に係る課税標準等又は税額等を更正する旨定め，調査を更正処分の要件としているところ，同条にいう調査とは，課税標準等又は税額等を認定するに至る一連の判断過程の一切を意味し，課税庁の証拠資料の収集，証拠の評価あるいは経験則を通じての要件事実の認定，租税法その他の法令の解釈を経て更正処分に至るまでの思考，判断を含む極めて包括的な概念であると解される。
そして，国税通則法（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）が調査の方法，時期等の具体的手続についてなんら規定していないことからすると，その方法，時期，範囲に関しては，課税庁の合理的な裁量に委ねられているものと解される。
また，課税調査と犯則調査はその目的，機能を異にする別個の手続であり，両者が法制度上区別されている趣旨に鑑みると，犯則事件が存在するとの嫌疑もないのに，専ら課税資料を収集する目的で国税犯則取締法上の強制調査を行い，この調査によって得た資料のみに基づいて課税処分をすることは許されないというべきであるが，収税官吏である国税査察官が犯則嫌疑者に対し，適法な犯則調査を行った場合において，課税庁が同犯則調査又はその過程で収集された資料を引き継ぎ，これを上記犯則嫌疑者に対する課税処分を行うために利用することは許されると解するのが相当である（最高裁昭和６２年（行ツ）第７７号同６３年３月３１日第一小法廷判決・裁判集民事１５３号６４３頁参照）。
(3) 　これを本件についてみるに，証拠（乙６５）及び弁論の全趣旨によれば，麻布税務署長は，本件犯則調査により収集された資料等に基づき，原告の本件事業年度における所得金額等を調査するなどして本件更正処分を行ったものであると認められる。そして，前記前提事実のとおり，本件犯則調査の結果，別件刑事事件に至っているのであって，本件については，犯則事件が存在するとの嫌疑もないのに，専ら課税資料を収集する目的で本件犯則調査が行われたとの事情は認められない。なお，麻布税務署長が，特捜部及び査察部の指示に基づき，特捜部の起訴に都合を合わせて本件更正処分等をしたとの事実や，原告が本件更正処分等に対する異議申立てをした際，麻布税務署長が税務調査資料がないので答弁ができない旨回答したとの事実を認めるに足りる証拠はない。
したがって，本件更正処分は，国税通則法２４条が定める「調査」に基づくものということができるから，本件更正処分の取消原因となるべき調査手続の違法があるとはいえない。
２ 　争点(2)（本件通知書の送達手続に関する違法の有無）について
(1) 　原告は，更正処分は更正通知書を送達して行う必要があるところ（国税通則法２８条１項），麻布税務署長は，原告の事務所が本店所在地に存在していることを認識できた上，原告の代表者であるＡの所在を確実に認識し又は容易に知り得たにもかかわらず，本件通知書を原告の本店所在地やＡの所在地に対して送達せず，当時，東京拘置所に収容されていたＤに送達したのであるから，本件更正処分は，本件通知書の送達手続に瑕疵があり，違法というべきである旨主張する。
そこで，以下，本件更正処分の取消原因となるべき本件通知書の送達手続に関する違法の有無について検討することとする。
(2) 　国税通則法は，２４条から２６条までの規定による更正又は決定は，税務署長が更正通知書又は決定通知書を送達して行うものとし（２８条１項），国税に関する法律の規定に基づいて税務署長等が発する書類は，郵便等による送達又は交付送達により，その送達を受けるべき者の住所又は居所（事務所及び事業所を含む。）に送達する旨定めている（１２条１項本文）。そして，会社法４条が会社の住所はその本店の所在地にあるものとする旨定めていることからすれば，税務署長等が会社に対して上記書類を送達する場合の送達すべき場所は，原則として，当該会社の本店の所在地であると解するのが相当である。
この点，前記前提事実のとおり，本件通知書は，平成２２年９月２９日付けで，麻布税務署長から当時Ｄが勾留されていた東京拘置所に簡易書留郵便によって発送され，同月３０日に東京拘置所に配達されたのであり，原告の本店所在地（東京都港区〈以下省略〉）に送達されたものではない。
しかしながら，そもそも，国税通則法が送達に関する規定を設けた趣旨は，国税に関して税務署長等が発する書類がその趣旨のものとして名宛人の下に確実に，かつ，速やかに送達され，当該送達によってその後の手続が適正に進行することを確保することにあると解される。
そして，証拠（乙２２～２６）及び弁論の全趣旨によれば，麻布税務署長が本件更正処分をした平成２２年９月２９日当時，原告の本店の所在地に原告の事務所はなく，本店の所在地以外の場所にも原告の事務所はなかったこと，原告の登記簿（乙１），法人税の確定申告書（乙２～７）及び法人設立届出書（乙２６）に記載された原告の代表者であるＡの住所（東京都港区〈以下省略〉）にＡは居住していなかったこと，麻布税務署長はＡの所在を把握することができなかったことが認められる。他方，前記前提事実並びに証拠（甲１）及び弁論の全趣旨によれば，原告の実質的経営者であるＤは，平成２２年１月２０日に法人税法違反の嫌疑で逮捕され，同年２月９日に同法違反の罪で東京地方裁判所に起訴され，同年９月２９日当時，東京拘置所に勾留されており，その所在が明らかであった。そして，前記前提事実のとおり，原告は，平成２２年１１月２４日，麻布税務署長に対し，本件更正処分等を不服として，異議申立てをしているのであるから，原告は，Ｄを通じて本件通知書を速やかに受領したものと認められる。
そうすると，かかる事情が認められる本件については，先に述べた送達に関する規定の趣旨に照らし，麻布税務署長が，本件通知書を東京拘置所に収容中のＤに対して郵送したことは，原告に対する送達として適法というべきである。
(3) 　原告の主張について
原告は，Ａが，平成２２年１月２６日，検察官の取調べにおいて，原告の事務所が本店所在地に存在している旨供述していたのであるから，麻布税務署長は，原告の事務所が本店所在地に存在していることを認識でき，また，Ａに対する供述の録取が行われていること，Ａが保釈決定において住所を制限されていたこと，麻布税務署の担当者がＡと電話で会話していることからすれば，麻布税務署長は，Ａの所在を容易に知り得た上，平成２３年３月１５日に原告に対して国税不服審判所に対する審査請求ができる旨の教示書を郵便送達していることからすれば，Ａの所在を確実に認識していたといえる旨主張する。
しかしながら，本件更正処分がされた平成２２年９月２９日当時，原告の本店の所在地に原告の事務所が存在していなかったことは先に述べたとおりであるし，仮に麻布税務署長がＡの所在を認識し得たとしても，上記(2)において述べた事情に鑑みると，原告は，結局，本件通知書を自己に宛てられた更正決定として受け取ったものと解されるのであって（なお，本件更正処分に対する異議申立てにおいては，税理士を代理人に選任し，書類の送達先を同税理士とする旨の申出も行っている。乙６２，６３），本件通知書の送達が無効であるということはできず（最高裁昭和２９年（オ）第２２２号同３０年６月２１日判決・裁判集民事１８号８３５頁参照），本件通知書の送達について，本件更正処分の取消原因となるべき違法があるともいえない。
３ 　争点(3)（本件通知書の理由付記等に関する違法の有無）について
(1) 　原告は，総勘定元帳に基づいて本件確定申告をしている原告については，たとえ青色申告の承認を受けていなかったとしても，青色申告の場合と同様，総勘定元帳に基づく税務調査が可能であり，麻布税務署長は推計課税をする必要がなかったのであるから，本件更正処分については，行政手続法１４条が適用され，理由付記が必要というべきである旨主張する。
しかしながら，旧国税通則法７４条の２は，国税に関する法律に基づき行われる処分については，不利益処分の理由の提示について定める行政手続法１４条の規定は適用しない旨を定めている。
また，法人税法は，税務署長は，内国法人の提出した同法１２１条に規定する青色申告書に係る法人税の課税標準又は欠損金額の更正をする場合には，その更正に係る国税通則法２８条２項に規定する更正通知書にその更正の理由を付記しなければならない旨定めている一方（１３０条２項），青色申告書以外の申告書に係る法人税の課税標準又は欠損金額の更正をする場合については，更正の理由を付記しなければならない旨の規定を置いていない。このように青色申告書とそれ以外の申告書によって取扱上の差異を認めているのは，法人税法が青色申告書に係る同法の課税標準又は欠損金額については，その計算を法定の帳簿書類に基づいて行なわせ，その帳簿書類に基づく実額調査によらないで更正されることのないよう保障している関係上（同法１３０条１項），その更正に当たっては，特にそれが帳簿書類に基づいていること，あるいは帳簿書類の記載を否定できるほどの信憑力のある資料によったという処分の具体的根拠を明確にする必要があり，かつ，それが妥当であるとしたからにほかならず，合理的な理由に基づくものというべきである（最高裁昭和３６年（オ）第８４号同３８年５月３１日第二小法廷判決・民集１７巻４号６１７頁，最高裁昭和３９年（行ツ）第６５号同４２年９月１２日第三小法廷判決・集民８８号３８７頁参照）。
そして，旧国税通則法７４条の２及び法人税法１３０条２項は，いずれも，申告書が事実上，総勘定元帳に基づいて作成されたか否か，あるいは，更正処分が推計課税によってなされたか否かによって，その取扱いを区別していないのであるから，青色申告書以外の申告書に係る更正処分については，理由付記を求めていないと解するのが相当である。
この点，前記前提事実のとおり，原告は，平成１８年２月２８日，本件事業年度の法人税につき，青色申告書以外の申告書により，本件確定申告をした。
したがって，麻布税務署長には，本件更正処分について，その理由を付記すべき義務はないというべきであるから，この点に関する原告の主張を採用することはできない。
(2) 　原告は，平成１８年１２月期以降の事業年度について既に青色申告の承認を受けていたのであるから，行政手続法１４条の立法趣旨を踏襲した法人税法１３０条２項の趣旨に照らすと，平成２２年９月２９日にした本件更正処分については，理由付記が必要というべきである旨主張する。
しかしながら，本件更正処分の当時，原告が平成１８年１２月期以降の事業年度について青色申告の承認を受けていたとしても，その承認の効果が本件事業年度に遡及するものではないから，本件更正処分に理由を付記すべき義務はないとの前記判断を左右するものではない。したがって，この点に関する原告の主張を採用することはできない。
(3) 　原告は，更正処分は，青色申告書，白色申告書の区別なく，納税者に対する不利益処分であるから，憲法３１条の要請として，その処分理由と適用法条を必ず付記するべきであり，理由付記を青色申告書に係る更正処分に限定する法人税法１３０条２項の規定は，行政手続法１４条及び憲法３１条に違反している旨主張する。
しかしながら，憲法３１条が直接に，行政上の不利益処分である更正処分に理由が付記されるべきことを保障していると解することはできない。そして，行政手続法１４条１項本文が，不利益処分をする場合に同時にその理由を名宛人に示さなければならないとしているのは，名宛人に直接に義務を課し又はその権利を制限するという不利益処分の性質に鑑み，行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに，処分の理由を名宛人に知らせて不服の申立てに便宜を与える趣旨に出たものと解されるところ，法人税法が青色申告書とそれ以外の申告書によって理由付記について取扱上の差異を設けていることが，合理的な理由に基づくものであることは，先に述べたとおりである。
したがって，法人税法１３０条２項の規定は，行政手続法１４条及び憲法３１条に違反していないというべきであるから，この点に関する原告の主張を採用することはできない。
(4) 　原告は，本件通知書には，更正前と更正後の課税標準等及び税額等の記載が欠如しているだけでなく，国税通則法２７条の調査に基づくものである旨の付記も欠如していたのであるから，本件更正処分には，国税通則法２８条２項に違反する違法がある旨主張する。
しかしながら，法人税の課税標準は各事業年度の所得金額であるところ（法人税法２１条），証拠（甲１）によれば，本件通知書には，本件更正処分前と本件更正処分後の所得金額又は欠損金額，納付すべき法人税額等の記載があるほか，本件更正処分によって増加する納付すべき税額の記載もあると認められるから，国税通則法２８条２項各号所定の記載すべき事項を欠いているとはいえない。また，前記１において述べたとおり，本件更正処分は，国税通則法２４条が定める調査に基づくものであり，同法２７条が定める調査に基づくものではないから，本件通知書に，本件更正処分が同条の調査に基づくものである旨を付記する必要はない。したがって，この点に関する原告の主張を採用することはできない。
(5) 　以上より，本件通知書は，必要な記載を欠くものではないから，理由の付記等に関する違法があるとはいえない。
４ 　争点(4)（別件刑事事件に係るほ脱税額との齟齬に関する違法の有無）について
(1) 　原告は，本件更正処分における納付すべき法人税額の合計額９億４５７７万４３００円は，査察部が認定した原告の本件事業年度の納付すべき法人税額及び東京地方検察庁検察官の起訴状に記載されたほ脱税額８億０２４５万２０００円との間で１億４３３２万２３００円の齟齬があり，当該ほ脱税額と本件更正処分の納付すべき法人税額が一致していないから，本件更正処分は違法である旨主張する。
しかしながら，犯則嫌疑者の納付すべき法人税額に関する査察部の認定は，国税に関する犯則事件について告発をするか否かを判断するための調査の一環としてされるものにすぎず，また，起訴状記載の公訴事実に係る訴因の設定は検察官の裁量に委ねられているのであり，査察部の上記認定や起訴状の記載ないし当該起訴状に係る起訴が，納付すべき法人税額を確定させる効力や税務署長の更正処分の内容を拘束する効力を有するものではない。
したがって，査察部が認定した原告の本件事業年度の納付すべき法人税額及び東京地方検察庁検察官が別件刑事事件の起訴状に記載したほ脱税額と本件更正処分の納付すべき法人税額が一致していないとしても，それが本件更正処分の違法事由となるものではないから，この点に関する原告の主張を採用することはできない。
(2) 　原告は，東京地方裁判所が，別件刑事事件において，原告の本件事業年度における法人税額を７億８７６３万６４００円と認定したことにより，麻布税務署長は，本件更正処分において法人税額を１億５８１３万７９００円過大に更正していたことを知ったのであるから，国税通則法２６条に基づき，本件更正処分に係る再更正を行う義務があったのであり，それにもかかわらず，麻布税務署長は，再更正処分を怠っているのであるから，本件更正処分は，国税通則法２６条に違反し，違法というべきである旨主張する。
しかしながら，上記(1)で述べたことによれば，本件において原告主張のような再更正をすべき義務があったと直ちにいえるものではない。また，再更正処分は，税務署長が，更正処分をした後，その更正をした課税標準等又は税額等が過大又は過少であることを知ったときに，その調査により，当該更正に係る課税標準等又は税額等を更正するものであり（国税通則法２６条），そもそも，再更正処分を怠っていることそれ自体が先にされた更正処分の違法事由となるものでもない。
５ 　争点(5)（ａビルの譲渡原価に係る申告額の損金算入の可否）について
(1) 　法人税法は，法人税の課税標準を各事業年度の所得金額とし（２１条），各事業年度の所得金額は，当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した額とする（２２条１項）旨定めている。そして，固定資産を譲渡した場合，所得金額の計算上，その譲渡対価の額は益金の額に算入され（法人税法２２条２項），譲渡原価の額は，通常，同条３項１号所定の原価の額として損金の額に算入されることになる（同項）。
前記前提事実のとおり，原告は，本件事業年度の所得金額の計算において，ａビルの売却収入４４億円を益金の額とし，その譲渡原価３９億６４３９万６０１６円を損金の額として計上し，その差額４億３５６０万３９８４円を固定資産売却益としていた。
この点につき，被告は，原告が，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入したａビルの譲渡原価のうち，Ｂ部分の取得費用，Ｅ及びＦに対する支払手数料については，所得金額を過少に申告するため，架空の譲渡原価を計上したものであるから，これらを損金の額に算入することはできない旨主張するのに対し，原告は，架空の譲渡原価を計上したものではないから，これらの譲渡原価は損金の額に算入されるべきである旨主張する。
そこで，以下，本件事業年度の所得金額の計算上，原告の申告に係る上記各譲渡原価を損金の額に算入することができるか否かについて検討することとする。
(2) 　Ｂ部分の取得費用について
ア　認定事実
前記前提事実及び掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実が認められる。なお，Ｄの別件刑事事件における供述（乙７３，７４）中，下記認定に反する部分は，掲記の証拠等に照らし，採用できない。
（ア）　Ｄは，暴力団組織の組長であり，原告の実質的経営者としてその業務全般を統括していた。Ａは，原告が組長を務める暴力団組織の組員であった者である。（甲４，６，乙１３）
（イ）　Ｇは，東京工営の代表取締役である（乙１３）。
（ウ）　原告は，平成１６年６月２４日，秀吉商事との間で，Ｂ部分及び秀吉商事の全株式を代金４億７０００万円で買い受ける旨の契約をし，その代金を支払った（前記前提事実）。これにより，原告は，Ｂ部分の所有権を取得した。
（エ）　Ｄは，原告がａビルを売却することによって生じる固定資産売却益を圧縮するため，平成１７年４月ないし５月頃，Ｇに対し，Ｂ部分の売買契約について，契約当事者である秀吉商事と原告との間に東京工営を介在させ，秀吉商事から東京工営，東京工営から原告へと順次Ｂ部分が譲渡されたように仮装し，東京工営と原告との間の売買代金を２５億円程度とすることにより，ａビルの譲渡原価を水増しすることについて協力を求めた。これに対し，Ｇは，当時，東京工営に６５億円を超す繰越欠損金があり，２５億円程度の架空売上を計上しても，税負担が生じない見通しであったことから，これに応じることとした。（乙１３）
（オ）　その後，Ｄは，本件確定申告までに，Ｇや配下の者に指示をするなどして，Ｂ部分の売買に関する内容虚偽の契約書及び領収証，すなわち，①秀吉商事が東京工営に対してＢ部分を４億９０００万円で譲渡する旨の平成１６年６月２４日付け不動産売買契約書（乙２９），②東京工営に宛てられた秀吉商事名義の３億９０００万円の同日付け仮領収証（乙３１）及び③１億円の同年８月３１日付け領収証（乙３２），④東京工営が，原告に対し，秀吉商事の全株式を１０００万円，Ｂ部分を２４億９０００万円で譲渡する旨の同年６月２４日付け株式譲渡及び建物売買契約書（乙３０），⑤原告に宛てられた東京工営名義の３億９０００万円の同日付け受領書（乙３３），⑥１億円の同年８月３１日付け受領書（乙３４）及び２５億円（上記⑤及び⑥の金額を含む。）の平成１７年７月２９日付け領収証（乙３５）を作成させた（乙１３，３６（４～６頁））。
（カ）　原告は，平成１７年７月２７日，クオンツとの間で，ａビルにつき，代金４４億円の借地権付建物売買契約を締結し，同月２９日，クオンツから，豊藤への借地権譲渡承諾料等４億３０００万円を差し引いた売却代金残額３９億７０００万円を振込送金により受け取った（前記前提事実）。なお，クオンツからの上記振込送金は，北部信用組合の原告名義の預金口座になされた（乙７４（５４頁））。
（キ）　Ｇは，平成１７年７月２７日，Ｄから指示を受けて，北部信用組合の本店において，東京工営名義の預金口座を新規に開設し，１０００円を入金したが，その預金通帳及び届出印はＤが持ち帰った（乙１３，３７，３８）。
（ク）　Ｄは，平成１７年７月２９日，北部信用組合の本店において，原告の預金口座から２１億円を出金し，東京工営名義の預金口座に２０億１０００万円を入金した。Ｇは，同日，Ｄから指示を受けて，北部信用組合の本店において，東京工営名義の預金口座から現金２０億１０００万円を出金する手続をしたが，この現金はすべてＤが持ち帰った。（乙１３，３７，３８）
（ケ）　Ｄは，平成１９年６月６日，北部信用組合の本店において，東京工営名義の預金口座の解約手続を行い，同口座の残金１０００円の支払を受けた（乙３７，３８）。
（コ）　原告は，Ｂ部分を東京工営から２４億９０００万円で取得したとして，これを平成１７年７月２７日付けで借地権勘定に計上し，ａビルの譲渡原価の一部として本件事業年度の損金の額に算入した上で，本件確定申告をした（乙７，１２，３６（１２頁参照））。
イ　上記認定事実を総合すると，原告は，ａビルをクオンツに対して４４億円で売却したことにより，本件事業年度において，多額の固定資産売却益が生じ，多額の法人税が課されることが見込まれたことから，その税負担を免れるため，原告の実質的経営者であるＤの主導により，Ｂ部分の所有権が，秀吉商事から東京工営に４億９０００万円で譲渡され，東京工営から原告に２４億９０００万円で譲渡されたように仮装し，原告の本件事業年度の所得金額の計算上，上記２４億９０００万円をａビルの譲渡原価として損金の額に計上し，固定資産売却益を不正に圧縮し，本件確定申告をしたものであると認められる。
したがって，原告は，本件事業年度の所得金額を過少に申告するため，Ｂ部分の取得費用２４億９０００万円について，架空の譲渡原価を計上したものであるから，かかる譲渡原価を損金の額に算入することはできないというべきである。
ウ　原告の主張について
（ア）　原告は，平成１６年６月２４日，秀吉商事との間で，原告が秀吉商事からＢ部分及び秀吉商事の株式を４億７０００万円で買い受ける旨の合意をし，同日，東京工営に対し，秀吉商事の株式を４億９０００万円で売却した後，平成１７年７月２７日，東京工営から，秀吉商事の株式を２５億円で買い受け，同月２９日，東京工営に対し，東京工営への貸金４億９０００万円を控除した２０億１０００万円を支払ったのであり，Ｂ部分の所有権を有する秀吉商事の株式の売買により，Ｂ部分の所有権が原告から東京工営へ，東京工営から原告へと順に移転したのであるから，上記Ｂ部分の取得費用２４億９０００万円は，ａビルの譲渡原価として損金算入されるべきである旨主張する。
しかしながら，かかる原告の主張を前提としても，原告は，秀吉商事との間で，Ｂ部分及び秀吉商事の株式を４億７０００万円で買い受ける旨の合意をしたのであり，これによって，原告はＢ部分の所有権を秀吉商事から直接取得し，秀吉商事はＢ部分の所有権を失っているのであるから，その後に，原告が，秀吉商事の株式を東京工営に売却し，これを東京工営から買い戻したとしても，原告が東京工営からＢ部分の所有権を取得したことにはならない。また，そもそも，不動産を所有する会社の発行済み株式を全部取得したとしても，これによって，当該株式の取得者が，当該不動産の所有権を取得するものではないから，原告が主張するように，Ｂ部分の所有権を有する秀吉商事の株式を売買することによって，Ｂ部分の所有権が原告から東京工営へ，東京工営から原告へと順に移転するものではない。
したがって，この点に関する原告の主張を採用することはできない。
（イ）　また，原告は，原告と東京工営は，平成１０年，ａビルの地上げを共同して行い，東京工営がテナントに対する立退交渉などを行い，地上げが成功した場合には，原告が東京工営に対して成功報酬を支払う旨の合意をし，平成１６年６月，上記成功報酬の金額を２０億１０００万円とする旨の合意をしていたのであるから，少なくとも東京工営に支払った２０億１０００万円は，地上げ報酬そのものと評価し，ａビルの譲渡原価として損金算入されるべきである旨主張する。
しかしながら，上記認定事実によれば，原告が平成１７年７月２９日に東京工営名義の預金口座に入金した２０億１０００万円は，同日，同預金口座から出金され，Ｄがそのまま持ち帰っており，同預金口座の預金通帳及び届出印も始めからＤが保持していたものであり，上記２０億１０００万円の資金の移動は，原告があたかも東京工営からＢ部分の譲渡を受けたかのように仮装するためものにすぎないというべきであるから，原告が東京工営に対して２０億１０００万円の支払をしたと認めることはできない。かえって，証拠（乙１３）及び弁論の全趣旨によれば，Ｇがａビルの地上げに関して原告から受領した報酬は，１５００万円であったと認められる。なお，ａビルに関する東京工営の報酬を２５億円とする原告と東京工営間の合意書（甲７４の１）は，以上に述べたところに照らし，その信憑性を肯定することはできない。
したがって，この点に関する原告の主張を採用することはできない。
(3) 　Ｅに対する支払手数料について
ア　認定事実
前記前提事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば，次の事実を認めることができる。なお，Ｄの別件刑事事件における供述（乙７３）中，下記認定に反する部分は，掲記の証拠等に照らし，採用できない。
（ア）　Ｅは，Ｄが属する暴力団組織における東北地区の相談役を務めていた者であり，平成１４年９月に死亡した（甲４（１９頁））。
（イ）　Ｄは，原告がａビルを売却することによって生じる固定資産売却益を圧縮するため，原告が，Ｅに対し，ａビルの売買の交渉及びａビルのテナントの立退交渉に関する業務を委託し，その報酬として５億円を支払ったように仮装して，当該５億円をａビルの譲渡原価として水増しすることとし，本件確定申告までに，Ｇや配下の者に指示をするなどして，内容虚偽の契約書及び領収証，すなわち，①原告がＥに対して上記業務を委託し，その報酬を５億円とする平成１１年３月４日付け業務委託契約書（乙４０，４９）及び②原告に宛てられたＥ名義の５億円の平成１２年１２月２６日付け仮領収証（乙４１）を作成させた（乙３６（７～１１頁））。
（ウ）　原告は，Ａ部分のテナントの立ち退きに関する手数料５億円をＥに支払ったとして，これを平成１２年１２月２８日付けで借地権勘定に計上し，ａビルの譲渡原価の一部として本件事業年度の損金の額に算入し，本件確定申告をした（乙７，３６（１２頁参照））。
イ　上記ア及び前記(2)アの認定事実を総合すると，原告は，ａビルをクオンツに対して４４億円で売却したことにより，本件事業年度において，多額の固定資産売却益が生じ，多額の法人税が課されることが見込まれたことから，その税負担を免れるため，原告の実質的経営者であるＤの主導により，原告が，Ｅに対し，ａビルの売買の交渉及びａビルのテナントの立退交渉に関する業務を委託し，その報酬として５億円を支払ったように仮装し，原告の本件事業年度の所得金額の計算上，上記５億円をａビルの譲渡原価として損金の額に計上し，固定資産売却益を不正に圧縮し，本件確定申告をしたと認められる。
したがって，原告は，本件事業年度の所得金額を過少に申告するため，Ｅに対する支払手数料５億円について，架空の譲渡原価を計上したものであるから，かかる譲渡原価を損金の額に算入することはできないというべきである。
ウ　原告の主張について
原告は，Ｅに対し，Ａ部分のテナントの立退交渉の手数料として，５億円を支払ったのであるから，同金員はａビルの譲渡原価として損金算入されるべきである旨主張する。そして，原告は，これを裏付ける証拠として，①原告に宛てられたＥ名義の５億円の平成１２年９月４日付け約束手形預り書（甲１４），②受取人欄に「Ｅ」と記載された約束手形番号○○○の手形控耳（甲１５），③原告に宛てられたＥ名義の５億円の平成１４年９月１２日付け領収証（甲１６の１），④Ｅの同日付け印鑑登録証明書，⑤原告とＥとの間の業務委託契約に係る平成１２年６月１４日付け協定書（甲１７）を提出している。
しかしながら，先に述べたとおり，原告の実質的経営者であるＤは，ａビルの固定資産売却益を不正に圧縮するため，Ｇや配下の者に指示をするなどして，内容虚偽の関係書類を多数作成させていること，上記①の約束手形預かり書，③の領収証及び⑤の協定書の筆跡は，先に述べた内容虚偽の平成１２年１２月２６日付け仮領収証（乙４１）の筆跡と酷似していること，Ｄも別件刑事事件において上記①の約束手形預かり書はＥが記載したものではない旨供述していること（乙７３（３７頁））に鑑みると，これらの書類はいずれもＥが作成したものであるとは認められず，Ｅへの支払を仮装するために作成された可能性があり，また，上記②の手形控耳の受取人欄も，当初は空欄であり，後から「Ｅ」と書き加えられたと認められるから（乙７３（７９～８１頁）），これらの証拠はいずれも信憑性を欠くものというべきである。さらに，Ａが，Ｄの配下の者や貸付先の顧客は，普段から不定期に，Ｄに対して，印鑑登録証明書や登録印鑑を預けさせられていた旨供述していること（甲４（１７頁））に鑑みると，上記③の印鑑登録証明書も，上記③の領収証とは無関係であるとみることができる。
したがって，原告がＥに対して５億円を支払ったとは認められないから，この点に関する原告の主張を採用することはできない。
(4) 　Ｆに対する支払手数料について
ア　認定事実
前記前提事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば，次の事実を認めることができる。なお，Ｄの別件刑事事件における供述（乙７３）中，下記認定に反する部分は，掲記の証拠等に照らし，採用できない。
（ア）　Ｆは，暴力団組織の組長を務めていた者であり，平成１７年１月に死亡した（乙３６（９頁），弁論の全趣旨）。
（イ）　Ｄは，原告がａビルを売却することによって生じる固定資産売却益を圧縮するため，原告が，Ｆに対し，ａビルの５２号室の立退料として，２億８０００万円を支払ったように仮装して，当該２億８０００万円をａビルの譲渡原価として水増しすることとし，本件確定申告までに，配下の者に指示をするなどして，内容虚偽の領収証，すなわち，①原告に宛てられたＦ名義の１億８０００万円の平成１６年７月１５日付け仮領収証（乙４３）及び②２億８０００万円の平成１７年１月７日付け領収証（乙４４）を作成させた（乙３６（９～１１頁），４２）。
（ウ）　原告は，ａビルの立ち退きに関する支払手数料２億８０００万円をＦに支払ったとして，これを平成１７年１月７日付けで借地権勘定に計上し，ａビルの譲渡原価として本件事業年度の損金の額に算入し，本件確定申告をした（乙１２，３６（１２頁参照））。
イ　上記ア及び前記(2)アの認定事実を総合すると，原告は，ａビルをクオンツに対して４４億円で売却したことにより，本件事業年度において，多額の固定資産売却益が生じ，多額の法人税が課されることが見込まれたことから，その税負担を免れるため，原告の実質的経営者であるＤの主導により，原告が，Ｆに対し，ａビルの５２号室の立退料として，２億８０００万円を支払ったように仮装し，原告の本件事業年度の所得金額の計算上，上記２億８０００万円をａビルの譲渡原価として損金の額に計上し，固定資産売却益を不正に圧縮し，本件確定申告をしたと認められる。
したがって，原告は，本件事業年度における所得金額を過少に申告するため，Ｆに対する支払手数料２億８０００万円について，架空の譲渡原価を計上したものであるから，かかる譲渡原価を損金の額に算入することはできないというべきである。
ウ　原告の主張について
原告は，Ｆに対し，Ｂ部分の５３号室の立退交渉の手数料等として，２億８０００万円を支払ったのであるから，同金員はａビルの譲渡原価として損金算入されるべきである旨主張する。
しかしながら，原告に宛てられたＦ名義の１億８０００万円の平成１６年７月１５日付け仮領収証（乙４３）及び２億８０００万円の平成１７年１月７日付け領収証（乙４４）には，立退料の支払先として「ａビル５２号室」が挙げられているのであって，原告が主張する５３号室は明示されていない。また，原告は，Ｂ部分の５３号室を賃借していた東亜企画に対する建物明渡等請求訴訟をしていたが，平成１６年７月５日付けで和解が成立し，東亜企画は同年９月１日付けで５３号室を明け渡しており，立退料の支払はされていないと認められる（乙２０，５１）。
したがって，原告がＦに対して２億８０００万円を支払ったとは認められないから，この点に関する原告の主張を採用することはできない。
６ 　争点(6)（簿外経費の損金算入の可否）について
(1) 　原告は，本件事業年度において，未申告の経費として，Ｇに対する支払手数料５０００万円，借入金に対する支払利息合計１５億００２２万９７４０円，強制執行費用５２万３１００円を支出しているから，当該経費は，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入される旨主張するのに対し，被告は，原告がこれらの経費を簿外で支払ったとは認められないから，これらを損金の額に算入することはできない旨主張する。そして，証拠（乙２～１２）及び弁論の全趣旨によれば，原告の主張する上記経費は，原告の決算書類や帳簿に記載されていなかったと認められる。
ところで，本件更正処分の適法性を主張する被告は，法人税の課税標準である各事業年度の所得の金額（法人税法２１条）について主張立証責任を負うと解されるところ，所得の金額が当該事業年度の益金の額から損金の額を控除して算出されること（同条２項）からすれば，益金の額のみならず，損金の額についても被告に主張立証責任があるというべきである。
もっとも，法人税法は，内国法人に対し，事業年度ごとに所得金額及び法人税額等を記載した申告書を提出するよう義務付け（７４条１項），当該申告書には，当該事業年度の貸借対照表及び損益計算書等の書類を添付しなければならないものとするなど，確定した決算に基づいて正しい申告をすべきことを求めている上，損金となる費用の存在が納税者にとって有利な事実であり，その証憑書類を整理・保存し，帳簿に計上することも容易であることからすれば，原告が損金として未申告の簿外経費が存在すると主張するときは，当該証拠との距離からみても，原告が損金となる簿外経費の存在を合理的に推認させるに足りる程度の具体的な反証を行わない限り，当該簿外経費は存在しないとの事実上の推定が働くものというべきである。
そこで，以上に述べたところを踏まえ，本件事業年度の所得金額の計算上，原告が簿外で支払ったとする未申告の費用を損金の額に算入することができるか否かについて検討することとする。
(2) 　Ｇに対する支払手数料について
原告は，平成１７年７月２９日，ＤとＧらが共に北部信用組合本店を訪れた際，Ｇに対し，ａビルの地上げに関する手数料として，５０００万円を支払ったのであるから，この５０００万円は，ａビルの譲渡原価として，本件事業年度の損金の額に算入されるべきである旨主張する。そして，原告は，これを裏付ける証拠として，①原告に宛てられた東京工営名義の５０００万円の平成１７年７月２９日付け領収証（甲１９），②コンサルタント収入として４３２０万５９５６円が計上されている東京工営の平成１８年１月期の決算報告書（甲２０）を提出している。
しかしながら，先に述べたとおり，原告の実質的経営者であるＤは，ａビルの固定資産売却益を不正に圧縮するため，Ｇや配下の者に指示をするなどして，内容虚偽の関係書類を多数作成させていること，Ａが，Ｄの配下の者や貸付先の顧客は，普段から不定期に，Ｄに対して，印鑑登録証明書や登録印鑑を預けさせられていた旨供述していることに加え，Ｇが，本件犯則調査において，ａビルの地上げに関する報酬は１５００万円であり，東京工営のゴム印をＤに預けていた旨供述していること（乙１３）に鑑みると，上記①の領収証は，東京工営への支払を仮装するために作成された可能性があるから，信憑性を欠くものというべきである。また，東京工営は，平成１８年１月期の総勘定元帳（乙５２）において，株式会社東営エンジニアリング及びユウ・アイ・リアルエステート株式会社からのコンサルタント収入として，合計４３２０万５９５６円を計上していることからすれば，東京工営の平成１８年１月期の決算報告書（甲２０）に計上されているコンサルタント収入４３２０万５９５６円が原告からの収入であるとは認められない。
以上に述べたところによれば，原告がａビルの地上げに関する手数料として５０００万円をＧに対して支払ったとの事実はないと認めるのが相当であり，この認定を覆すに足りる的確な証拠はない。
したがって，Ｇに対する支払手数料５０００万円を本件事業年度の損金の額に算入することはできない。
(3) 　支払利息について
ア　十王開発に対する支払利息について
原告は，平成元年から平成３年にかけて，東京工営や日英興産に対する貸付けの資金とするため，十王開発から合計２４億１９６８万円を借り入れた後，ａビルの地上げが完成し，平成１７年７月２９日，クオンツから売買代金の入金を受けたことから，十王開発に対し，同日に５億円（利息７７６４万７０５９円を含む。），同年１１月２５日に１２億円（利息１億８６３５万２９４１円を含む。）を支払った（支払利息合計２億６４００万円）旨主張する。
しかしながら，十王開発は，平成１８年度の総勘定元帳（甲２６の１）及び平成１０年４月１日から平成１１年３月３１日までの事業年度の確定決算書（甲２６の２）において，貸付けの相手方を日英興産と記載している。
また，原告の平成１２年１２月期から本件事業年度までの決算報告書及び勘定科目内訳書（乙２～７）には，原告が主張するような東京工営や日英興産に対する貸金債権の記載はなく，東京工営の平成１６年２月１日から平成１７年１月３１日までの事業年度の勘定科目内訳書（乙４６）及び同年２月１日から平成１８年１月３１日までの事業年度の勘定科目内訳書（乙４７）にも，借入先として原告が記載されていない。そして，原告を貸主，東京工営を借主とする借用証書（甲９の１，１０の１，１１の１，１２の１）は，作成当時，貸主欄は空欄であり，我が国において郵便番号が７桁になった平成１０年２月２日以降に原告の社判（郵便番号が７桁である。）が押印されたものであると認められること（甲６（６～８頁），乙４８），日英興産を借主とする借用証書（甲２１の１，２３，２４の１，２５の１）は，貸主欄が空欄であることからすれば，これらの借用証書は，原告が主張するような東京工営や日英興産に対する貸付けを裏付けるものとはいい難い。
さらに，Ｄは，原告だけでなく，十王開発をも実質的に経営していたと認められる（乙７１（１頁），７３（８３，９７頁））。
以上に述べたところによれば，原告が十王開発から借入れをしたとの事実や合計２億６４００万円の利息を支払ったとの事実はないと認めるのが相当であり，この認定を覆すに足りる的確な証拠はない。
したがって，十王開発に対する支払利息２億６４００万円を本件事業年度の損金の額に算入することはできない。
イ　大都商会に対する支払利息について
原告は，平成２年から平成９年にかけて，ケイ・ピー・ハーベスト，鳳物産，Ｈ，ヤマハ企画及びＩ（以下，併せて「ケイ・ピー・ハーベスト等」という。）に対する貸付けの資金とするため，大都商会から合計２１億７３００万円を借り入れ，平成１０年以降，ａビルの地上げに必要な資金とするため，大都商会から合計６億６１３７万１４６９円を借り入れるなど，多数の借入れをしていたが，大都商会に対し，利息の一部として，平成１７年７月２９日に８３０８万７５７６円，同年８月９日に１億１００１万５１３６円，同月１９日に５億２３１０万７０２８円の合計７億１６２０万９７４０円を支払ったほか，同年８月９日に別途２億２００２万円を支払った（支払利息合計９億３６２２万９７４０円）旨主張する。そして，原告は，これを裏付ける証拠として，①大都商会を貸主，原告を借主とする３０億円の平成１４年１月２８日付け借用証書（甲２９の１），②約３６億円の借入れや今後の利息支払を確認する大都商会に宛てられた原告名義の平成１６年８月２５日付け確約書（甲３０の１），③原告に宛てられた大都商会名義の平成１７年８月１９日付け領収書（甲３１の１）及び２億２０００万円の同月９日付け領収書（甲３１の２）を提出している。
しかしながら，先に述べたとおり，原告の実質的経営者であるＤは，ａビルの固定資産売却益を不正に圧縮するため，Ｇや配下の者に指示をするなどして，内容虚偽の関係書類を多数作成させていること，Ａが，Ｄの配下の者や貸付先の顧客は，普段から不定期に，Ｄに対して，印鑑登録証明書や登録印鑑を預けさせられていた旨供述していることに加え，Ｄは，子であるＯを大都商会の代表取締役に据えるなどして，大都商会を実質的に経営していたと認められること（乙１３，７１（１頁），７３（８２，９７頁））に鑑みると，上記①から③までの証拠は，貸付けや支払を仮装するために作成された可能性があるから，いずれも信憑性を欠くというべきである。
また，大都商会は，平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度の決算報告書（乙５４）において，貸付金を記載していない。
さらに，原告の平成１２年１２月期から本件事業年度までの決算報告書及び勘定科目内訳書（乙２～７）には，原告が主張するようなケイ・ピー・ハーベスト等に対する貸金債権の記載はない。そして，ケイ・ピー・ハーベスト等を借主とする借用証書（甲２７の１，２８の１，３６の１，３７の１，４６の１，５１の１）は，貸主欄が空欄であることからすれば，これらの借用証書は，原告が主張するようなケイ・ピー・ハーベスト等に対する貸付けを裏付けるものとはいい難い。
以上に述べたところによれば，原告が大都商会から借入れをしたとの事実や合計９億３６２２万９７４０円の利息を支払ったとの事実はないと認めるのが相当であり，この認定を覆すに足りる的確な証拠はない。
したがって，大都商会に対する支払利息９億３６２２万９７４０円を本件事業年度の損金の額に算入することはできない。
ウ　あじさい観光に対する支払利息について
原告は，平成１２年１２月２５日，Ｅに対する手数料５億円の支払等の資金とするため，あじさい観光から６億円を借り入れ，平成１７年７月２９日，あじさい観光に対し，８億５０００万円（利息２億５０００万円を含む。）を支払った旨主張する。そして，原告は，これを裏付ける証拠として，原告に宛てられたあじさい観光名義の２億５０００万円の平成１７年７月２９日付け領収書（甲３３）を提出している。
しかしながら，先に述べたとおり，Ｅに対する手数料支払の事実は認められない。そして，原告の実質的経営者であるＤは，ａビルの固定資産売却益を不正に圧縮するため，Ｇや配下の者に指示をするなどして・内容虚偽の関係書類を多数作成させていること，Ａが，Ｄの配下の者や貸付先の顧客は，普段から不定期に，Ｄに対して，印鑑登録証明書や登録印鑑を預けさせられていた旨供述していることに加え，Ｄは，家族をあじさい観光の代表取締役に据えるなどして，あじさい観光を実質的に経営していたと認められること（乙７１（１頁），７３（８３，９７頁））に鑑みると，上記証拠は，支払を仮装するために作成された可能性があるから，いずれも信憑性を欠くというべきである。
また，あじさい観光は，平成１６年６月１日から平成１７年５月３１日までの事業年度の決算報告書（乙５５）及び同年６月１日から平成１８年５月３１日までの事業年度の決算報告書（乙５６）において，貸付金を記載していない。
そうすると，原告があじさい観光から借入れをしたとの事実や２億５０００万円の利息を支払ったとの事実はないと認めるのが相当であり，この認定を覆すに足りる的確な証拠はない。
したがって，あじさい観光に対する支払利息２億５０００万円を本件事業年度の損金の額に算入することはできない。
エ　Ｊに対する支払利息について
原告は，Ｊから，平成１１年７月１６日頃に２億５０００万円，同年１０月頃に１億円，平成１６年１２月１４日に３０００万円，同月２７日に１０００万円を借り入れ，上記２億５０００万円をＡ部分の持分４分の３の競売代金の支払に充て，上記１億円をＡ部分の残り４分の１の持分を取得するための代金の支払に充て，平成１７年７月２９日，Ｊに対し，上記合計３億５０００万円の借入金の利息として，５０００万円を支払った旨主張する。そして，原告は，これを裏付ける証拠として，原告に宛てられたＪ１（Ｊ）名義の平成１７年７月２９日付け領収書（甲３４）を提出している。
しかしながら，先に述べたとおり，原告の実質的経営者であるＤは，ａビルの固定資産売却益を不正に圧縮するため，Ｇや配下の者に指示をするなどして，内容虚偽の関係書類を多数作成させていること，Ａが，Ｄの配下の者や貸付先の顧客は，普段から不定期に，Ｄに対して，印鑑登録証明書や登録印鑑を預けさせられていた旨供述していることに加え，ＪがＤの配偶者であること（乙７１（１頁））に鑑みると，上記証拠は，支払を仮装するために作成された可能性があるから，信憑性を欠くというべきである。
したがって，原告がＪから借入れをしたとの事実や５０００万円の利息を支払ったとの事実はないと認めるのが相当であり，この認定を覆すに足りる的確な証拠はない。
したがって，Ｊに対する支払利息５０００万円を本件事業年度の損金の額に算入することはできない。
(4) 　強制執行費用について
原告は，ａビルに入居していたｂレストランを立ち退かせるため，強制執行の申立てを行い，これに関連して，平成１６年８月１９日，Ｋ弁護士に対し，強制執行補助者の手数料及び鍵交換費用として５万円，遺留品の保管代として４７万３１００円を支払ったのであるから，上記合計５２万３１００円も，本件事業年度の強制執行費用として，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入されるべきである旨主張する。そして，原告は，これを裏付ける証拠として，原告に宛てられたＫ弁護士名義の５２万３１００円の平成１６年８月１９日付け領収書（甲３５の４）を提出している。
しかしながら，証拠（甲３５の４，乙１１，３６（１２頁））及び弁論の全趣旨によれば，原告は，平成１６年６月から８月までの間に，Ｋ弁護士に対し，ａビルに係る強制執行に関し，合計２１２万０２５０円を支払ったこと，上記領収書に記載された５２万３１００円のうち，送金料６００円を除く５２万２５００円は，上記２１２万０２５０円の一部であったこと，原告は，本件事業年度の所得金額の計算上，上記２１２万０２５０円をａビルの譲渡原価として損金の額に算入しでいたことが認められる。なお，原告の総勘定元帳に上記送金料６００円が計上されていないと認められること（甲３５の４，乙１１）に鑑みると，上記６００円は原告の負担においてＫ弁護士に支払われたものではないと認めるのが相当であり，これを覆すに足りる証拠はない。
したがって，原告が主張する強制執行費用５２万３１００円のうち，５２万２５００円は既に本件事業年度の損金の額に算入済みであり，残額の６００円は支払の事実が認められないから，これらを本件事業年度の損金の額に算入することはできない。
７ 　争点(7)（貸倒損失の損金算入の可否）について
(1) 　原告は，本件事業年度において，ケイ・ピー・ハーベストに対する貸金債権１２億円，Ｈに対する貸金債権２億３０００万円，ヤマハ企画に対する貸金債権４億６５００万円，日英興産に対する貸金債権及び手形債権合計１５億５０００万円が貸倒れとなったから，これらの貸倒損失は，本件事業年度の所得金額の計算上，損金の額に算入される旨主張するのに対し，被告は，原告がこれらの貸金債権を有していたとは認められないから，これらを損金の額に算入することはできない旨主張する。
ところで，証拠（乙２～１２）及び弁論の全趣旨によれば，原告が主張する貸金債権は，原告の決算書類や帳簿に記載されていなかったと認められるところ，未申告の簿外の貸倒損失についても，前記６(1)において未申告の簿外経費に関して述べたことと同様のことがいえるから，原告が損金として簿外の貸倒損失が存在すると主張するときは，当該証拠との距離からみても，原告が損金となる貸倒損失の存在を合理的に推認させるに足りる程度の具体的な反証を行わない限り，当該貸倒損失は存在しないとの事実上の推定が働くものというべきである。
そこで，以上に述べたところを踏まえ，本件事業年度の所得金額の計算上，原告が主張する未申告の貸倒損失を損金の額に算入することができるか否かについて検討することとする。
(2) 　ケイ・ピー・ハーベストに対する貸金債権について
原告は，ケイ・ピー・ハーベストに対し，平成２年８月３１日に２億円，同年１０月２６日に１０億円の合計１２億円を貸し付けたが，ケイ・ピー・ハーベストや連帯保証人である会社はいずれも破産ないし倒産し，個人で連帯保証人になっていた者も行方不明であるなど，貸金を回収することはできなかったところ，平成１７年１月７日に行われた担保不動産競売によって７１０万円を回収し，これをケイ・ピー・ハーベストの未払利息に充当しており，ケイ・ピー・ハーベストに対する貸金債権は，本件事業年度において全額が貸倒れになった旨主張する。そして，原告は，これを裏付ける証拠として，①ケイ・ピー・ハーベストを借主とする２億円の平成２年８月３１日付け借用証書（甲３６の１），②原告に宛てられたケイ・ピー・ハーベスト名義の２億円の平成２年８月３１日付け領収証（甲３６の２），③ケイ・ピー・ハーベストを借主とする１０億円の平成２年１０月２６日付け借用証書（甲３７の１），④原告に宛てられたケイ・ピー・ハーベスト名義の１０億円の平成２年１０月２６日付け領収証（甲３７の２），⑤ケイ・ピー・ハーベストに係る平成２年１０月６日付け印鑑証明書（甲３８の１），⑥ケイ・ピー・ハーベストの代表取締役であるＰに係る印鑑登録証明書（甲３８の２），⑦「ミナトカイハツ」を依頼人，「（株）ケーピーハーベスト」を受取人とする６億６０００万円の振込金受取書（兼手数料受取書）（甲３９）を提出している。
しかしながら，先に述べたとおり，ケイ・ピー・ハーベストを借主とする上記①及び③の借用証書は，貸主欄が空欄であることからすれば，原告が貸付けを行ったことを裏付けるものとはいい難い。また，先に述べたとおり，原告の実質的経営者であるＤは，ａビルの固定資産売却益を不正に圧縮するため，Ｇや配下の者に指示をするなどして，内容虚偽の関係書類を多数作成させていること，Ａが，Ｄの配下の者や貸付先の顧客は，普段から不定期に，Ｄに対して，印鑑登録証明書や登録印鑑を預けさせられていた旨供述していることに加え，上記のとおり借用証書の貸主欄は空欄であることに鑑みると，上記②及び④の領収証は，原告名が後から書き加えられるなど，原告による支払を仮装するために作成された可能性があるから，信憑性を欠くものというべきである。上記⑦の振込金受取書（兼手数料受取書）は，既に述べたところに加え，原本を紛失したとして，写しとして証拠提出されたものであること（顕著な事実）に鑑みると，作為が加えられた可能性を否定できないから，その信憑性を肯定することはできない。
また，ケイ・ピー・ハーベストを債務者とする債権額１２億円の抵当権設定登記（甲４１）は，抵当権者が丸惣建設となっている。この点につき，原告は，上記抵当権設定登記は名義貸しである旨主張し，これを裏付ける証拠として，ケイ・ピー・ハーベスト名義の平成２年１０月２９日付け同意書（甲４４の１）及び丸惣建設名義の同日付け念書（甲４４の２）を提出しているが，既に述べたところに加え，Ｄは，配下の者を丸惣建設の代表取締役に据えるなどして，丸惣建設の名義を恣意的に利用していたと認められること（乙７１（１頁），７３（８３～８４頁），７４（１０，２０頁））に鑑みると，名義貸しを仮装するために作成された可能性があるから，その信憑性を肯定することはできない。
以上に述べたところによれば，原告がケイ・ピー・ハーベストに対して貸付けをしたとの事実はないと認めるのが相当であり，この認定を覆すに足りる的確な証拠はない。
したがって，ケイ・ピー・ハーベストに対する貸金債権１２億円については，その存在が認められず，貸倒損失が生じることの前提を欠くものであるから，これを本件事業年度の損金の額に算入することはできない。
(3) 　Ｈに対する貸金債権について
原告は，平成５年２月２５日，Ｈに対し，３億５０００万円を貸し付け，平成７年１２月１１日，Ｈが所有する土地及び建物について，同月８日代物弁済を原因とする所有権移転登記を受け，平成１７年３月３０日，あじさい観光に対し，２億円で売却し，これを原告が負担した先順位の抵当権設定登記の抹消費用８０００万円と貸金債権の元金の一部１億２０００万円に充てたが，Ｈ及び連帯保証人の資力からみて，これ以上の回収の見込みはなかったから，原告のＨに対する残元金２億３０００万円の貸金債権は，本件事業年度において貸倒れとなった旨主張する。そして，原告は，これを裏付ける証拠として，①Ｈを借主とする３億５０００万円の平成５年２月２５日付け借用証書（甲４６の１），②Ｈ及び連帯保証人に係る同日付け印鑑登録証明書（甲４６の２・３），③平成７年１２月８日代物弁済を原因とするＨから原告への所有権移転登記や原告を権利者とする抵当権設定仮登記がされた土地及び建物の登記事項証明証（甲４７の１～４）を提出している。
しかしながら，上記①の借用証書は，貸主欄が空欄であることからすれば，原告が貸付けを行ったことを裏付けるものとはいい難い。また，原告は，上記③の土地及び建物について，あじさい観光に対し，真正な登記名義の回復を原因とする所有権移転登記をしているところ，その際，Ｈから原告への代物弁済を原因とする所有権移転登記について，Ｈに対する本来の債権者はあじさい観光であり，あじさい観光が原告の名義を借りていたものである旨，法務局に提出した登記原因証明情報に記載していること（乙５８）に鑑みると，上記③の登記事項証明証の原告に関する記載についても，原告が主張するようなＨに対する貸付けを裏付けるものとはいい難い。
以上に述べたところによれば，原告がＨに対して貸付けをしたとの事実はないと認めるのが相当であり，この認定を覆すに足りる的確な証拠はない。
したがって，Ｈに対する貸金債権２億３０００万円については，その存在が認められず，貸倒損失が生じることの前提を欠くものであるから，これを本件事業年度の損金の額に算入することはできない。
(4) 　ヤマハ企画に対する貸金債権について
原告は，平成７年９月１８日，ヤマハ企画に対し，４億６５００万円を貸し付け，連帯保証人であるＭの親族が持分を有する不動産に，丸惣建設名義で抵当権設定仮登記を受けたが，ヤマハ企画は，上記貸金の元金を全く返済しないまま事実上倒産し，Ｍも平成１７年以前に死亡しており，上記不動産には先順位の抵当権者がいて，Ｍの相続人にもめぼしい資産がなく，貸金回収の見込みはなかったことから，平成１７年９月９日，Ｍの相続人からの申し出により，同相続人から３００万円を受領して未払利息に充当し，上記抵当権設定仮登記を抹消したのであり，ヤマハ企画に対する貸金債権は，本件事業年度において全額が貸倒れになった旨主張する。そして，原告は，これを裏付ける証拠として，①ヤマハ企画を借主とする４億６５００万円の平成７年９月１８日付け借用証書（甲５１の１），②ヤマハ企画に係る同日付け印鑑証明書（甲５１の２），③ヤマハ企画の代表取締役であるＭに係る同月１９日付け印鑑登録証明書（甲５１の３）を提出している。
しかしながら，上記①の借用証書は，貸主欄が空欄であることからすれば，原告が貸付けを行ったことを裏付けるものとはいい難い。
また，ヤマハ企画を債務者とする債権額４億６５００万円の抵当権設定登記（甲５３）は，抵当権者が丸惣建設となっている。この点につき，原告は，上記抵当権設定登記は名義貸しである旨主張し，これを裏付ける証拠として，Ｍ名義の平成７年９月１８日付け同意書（甲５２の１）及び丸惣建設名義の同日付け念書（甲５２の２）を提出しているが，既に述べたところに照らすと，名義貸しを仮装するために作成された可能性があるから，その信憑性を肯定することはできない。
以上に述べたところによれば，原告がヤマハ企画に対して貸付けをしたとの事実はないと認めるのが相当であり，この認定を覆すに足りる的確な証拠はない。
したがって，ヤマハ企画に対する貸金債権４億６５００万円については，その存在が認められず，貸倒損失が生じることの前提を欠くものであるから，これを本件事業年度の損金の額に算入することはできない。
(5) 　日英興産に対する貸金債権について
ア　原告は，平成元年から平成２年にかけて，日英興産に対し，合計５億５０００万円を貸し付けたが，その貸金債権は，日英興産の倒産によって貸倒れとなった旨主張する。そして，原告は，これを裏付ける証拠として，①日英興産を借主とする２億円の平成元年８月４日付け借用証書（甲２１の１），②日英興産に係る平成元年７月２０日付け印鑑証明書（甲２１の２），③日英興産を借主とする２億円の平成元年１２月７日付け借用証書（甲２３），④日英興産を借主とする１億５０００万円の平成２年２月２８日付けの借用証書（甲２４の１），⑤日英興産に係る平成２年２月２０日付け印鑑証明書（甲２４の２），⑥日英興産の代表取締役であるＱ（以下「Ｑ」という。）に係る平成２年１月２５日付け印鑑登録証明書（甲２４の３），⑦原告に対する借入金が合計５億５０００万円あり，これを東京工営と共同責任で返済する旨の日英興産名義の平成４年４月９日付け確約書（甲５５の１），⑧日英興産に係る同日付け印鑑証明書（甲５５の２），⑨Ｄのところから５億５０００万円を借り入れたことを自認する内容の日英興産の代表取締役であるＱの陳述書（甲５６）を提出している。
しかしながら，上記①，③及び④の借用証書は，貸主欄が空欄であることからすれば，原告が貸付けを行ったことを裏付けるものとはいい難い。また，上記⑦の確約書は，作成日が平成４年４月９日とされているにもかかわらず，それから１９年以上も経過した平成２３年１０月１９日という確定日付が付されていることからすれば，その作成日が真正なものであるかも疑わしく，既に述べたところにも照らすと，貸付けを仮装するために作成された可能性があるから，その信憑性を肯定することはできない。さらに，上記⑨の陳述書についても，Ｑは，貸主が誰であるかは確認していない旨述べていることからすれば，原告が貸付けを行ったことを裏付けるものではない。
以上に述べたところによれば，原告が日英興産に対して貸付けをしたとの事実はないと認めるのが相当であり，この認定を覆すに足りる的確な証拠はない。
したがって，日英興産に対する貸金債権５億５０００万円については，その存在が認められず，貸倒損失が生じることの前提を欠くものであるから，これを本件事業年度の損金の額に算入することはできない。
イ　原告は，日英興産は，平成元年９月２７日，原告に対し，東京工営の原告に対する借入債務１０億円を担保するため，額面１０億円の約束手形を差し入れたが，結局，日英興産の倒産によって同手形は不渡りとなったのであるから，日英興産に対する手形債権は，全額が原告の損金となった旨主張する。そして，原告は，これを裏付ける証拠として，①原告を貸主，東京工営を借主とする１０億円の借用証書（甲９の１），②日英興産を連帯保証人とする１０億円の平成２年１月２５日付け借用証書（甲５７の１），③Ｑに係る同日付け印鑑登録証明書（甲５７の２），④原告に宛てられたアートメガネ産業有限会社及び日英興産を共同振出人とする１０億円の約束手形（甲５８）を提出する。
しかしながら，上記④の約束手形には，金融機関作成の不渡付箋が添付されていないから，当該約束手形が不渡りとなったことを裏付けるものではない。また，そもそも，手形債権は，原因債権と法律上別個の債権ではあっても，経済的には同一の給付を目的とし，原因債権の支払の手段として機能しこれと併存するものにすぎないから，担保のために振り出された約束手形が不渡りになったとしても，それによって直ちに当該約束手形に係る手形債権の金額を損金として計上できるものではない。
したがって，日英興産に対する手形債権１０億円を本件事業年度の損金の額に算入することはできない。
８ 　本件更正処分等の適法性
(1) 　本件更正処分の適法性
これまでに述べたところに加え，別紙掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば，本件更正処分（ただし，本件裁決により一部取り消された後のもの。以下同じ。）の根拠及び適法性は，別紙記載１及び２のとおりであると認められるから，本件更正処分は適法である。
(2) 　本件賦課決定処分の適法性
これまでに述べたところによれば，本件賦課決定処分（ただし，本件裁決により一部取り消された後のもの。以下同じ。）の根拠及び適法性は，別紙記載３のとおりであると認められるから，本件賦課決定処分は適法である。
第４ 　結論
以上によれば，原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし，主文のとおり判決する。
（裁判長裁判官　小林宏司　裁判官　徳井真　裁判官　堀内元城）

〈以下省略〉

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